Осенью 1990 года был учрежден пост президента Таджикской ССР, избрание которого по союзному образцу было возложено на Верховный совет. Первым президентом стал глава республиканской компартии Кахар Макхамов. Но уже меньше чем через год он растерял все свое влияние и был смещен. В это же время в Конституцию Таджикской ССР внесли очередную порцию поправок, в том числе поправку о прямых выборах президента. На этих выборах также победил представитель старой партийной номенклатуры Рахмон Набиев, продержавшийся на своем посту менее года.
Политическая обстановка в республике была крайне накалена. Представители ряда регионов страны и лидеры оппозиционных партий (в частности, Демократической и Партии исламского возрождения) считали, что их интересы при формировании власти не учтены. Поэтому второй президент также был вынужден уйти в отставку, а в стране начались столкновения между группировками, представлявшими различные кланы. Вскоре столкновения переросли в полномасштабную гражданскую войну. В результате одна из группировок, связанная с кулябским кланом и поддержанная частями регулярной армии Узбекистана, постепенно взяла верх. В ноябре на заседании Верховного совета, проходившем в Худжанде, представитель этого клана Эмомали Рахмонов был избран председателем парламента (фактически главой государства). В декабре 1992 года его группировка взяла под контроль Душанбе. Правда, это была еще не полная победа, и контроль над всей территорией страны не был установлен.
В 1994 году одновременно состоялись президентские выборы и референдум по принятию новой Конституции. Конституция была принята, и Рахмонов стал президентом. В этой новой Конституции, так же как и в казахской Конституции, можно было найти немало заимствований из Конституции России 1993 года. Парламент (согласно статье 55) получил право утверждать указ президента о назначении и освобождении от должности премьер-министра. Но о последствиях неутверждения такого указа не говорилось ничего. Парламент также получил право назначать по представлению президента судей высших судов и генерального прокурора. Первоначально Конституция содержала и запрет на избрание одного и того же лица на пост президента более двух раз подряд.
Но общий тренд в развитии общественно-политической жизни страны не был еще вполне ясен. Сохранялись варианты. После тяжелого и долгого переговорного процесса в 1994–1997 годах сторонам конфликта удалось выработать компромисс. В политической жизни еще какое-то время присутствовали два субъекта — президент и парламент. И ни один из них еще не обладал монополией на власть. Наибольшие споры вызывала статья Конституции о светском характере государства. Рахмонов и его клан защищали эту норму, а оппозиция требовала ее отмены, хотя и не ставила при этом вопрос о создании религиозного государства.
Однако в течение следующего десятилетия ситуация изменилась. Из правительства и парламента постепенно были удалены почти все представители оппозиции. Договоренности, достигнутые в 1997 году, фактически перестали действовать. Условия для ведения любой оппозиционной деятельности оказались предельно затруднены. Группировка Рахмонова постепенно установила контроль над крупнейшими СМИ.
Под монополизацию власти одной группировкой была подведена и конституционная база. В 1999 году парламент страны стал двухпалатным, и его роль была ослаблена примерно по той же схеме, что и в Беларуси. Верхняя палата, к которой перешла часть полномочий, стала формироваться на смешанной назначаемо-представительной основе. Срок полномочий президента увеличился с пяти до семи лет, и в конце 1999 года Рахмонов был избран президентом уже на семилетний срок.
В 2003 году был проведен очередной референдум, по итогам которого была «уточнена» норма о запрете на занятие президентского поста более двух сроков подряд. Теперь, согласно Конституции, она вступала в силу только по истечении текущего срока полномочий президента.
