«Блаженны мертвые, умирающие о Господе; ей, говорит Дух, они успокоятся от трудов своих, и дела их идут вслед за ними».
В день смерти Пелагеи, на праздник Преполовения, у батюшки началась сухая гангрена правой стопы, что часто бывает при сахарном диабете. Сначала пальцы и вся стопа стали чернеть, и врачи советовали ампутировать ногу, но батюшка наотрез отказался. Чтобы снять интоксикацию, батюшке ставили капельницы, но он смотрел на все эти старания продлить ему жизнь, как на что-то совсем ненужное. Он иронически произносил: «Мучители, гонители». Отец Нифонт понимал всю тщетность лечения, оно как будто мешало ему идти ко Господу. Батюшка даже пытался выдернуть шнур капельницы.
День, когда у батюшки началась гангрена ноги (19 мая 2005 года), совпал с началом крестного хода с Песчанской иконой Божией Матери за Православную Триединую Русь, который благословил батюшка. Галина спросила у батюшки: «Ты идёшь молитвенно с ними?» Он утвердительно кивнул головой. Крестоходцы прошли маршрут по России, Белоруссии, но на границе с Украиной крестный ход не пропустили.
Первая панихида
Когда почерневшую ногу батюшки мазали освящёнными маслами, совершалось чудо: она становилась светлой. Однажды вызвали скорую помощь, и врач стал снимать кардиограмму. Медбрат, выйдя в коридор, в разговоре с духовной дочерью отца Нифонта на её слова о том, какой подвижник был батюшка, с иронией сказал: «Если есть Бог, что же он попустил такому хорошему человеку такие страдания?» Войдя в комнату, где врач описывал кардиограмму, медбрат посмотрел на ногу батюшки и обомлел – только что чёрная нога стала светлой. Он с большим удивлением стал спрашивать: «Что вы сделали с ногой?», такого результата он никогда не видел, потому что нужен минимум месяц для того, чтобы вывести интоксикацию. Духовная дочь батюшки ответила, что она помазала ногу батюшки маслицем, освящённым на Гробе Господнем и у 46 чудотворных икон Пресвятой Богородицы, и показала пузырёчек с «Божиим» лекарством. Тогда медбрат и врач стали спрашивать, где это масло можно приобрести.
До самых последних минут жизни отец Нифонт был в сознании и очень страдал. Всех, кто к нему подходил, он благословлял, называя их имена. Смотрел на всех грустно и с любовью, прощаясь. Анечка, дочка Галины, принесла как-то ему букет ландышей. Он обрадовался, прижал цветы к губам, потом протянул цветы другим, чтобы они порадовались весенним цветочкам.
Батюшка знал день своей кончины. 19 мая он сказал своей духовной дочери: «У меня был Один. Сказал, что через две недели ты встанешь… Неделя уже прошла».
Через неделю, 26 мая 2005 года в 16 часов, в полном сознании отец Нифонт отошёл в вечность…
Батюшка отошёл ко Господу тихо, скромно, никого особо своим уходом не побеспокоил. Вот только что-то говорил, потом закрыл глаза и… умер. Медсестра (батюшка её звал «Ниночка-блондиночка») отключила капельницу и сказала: «Всё!». Незадолго до этого батюшка читал стихи Никитина:
Через час на облачение почившего иеросхимонаха Нифонта по благословению Владыки Никона прибыли игумен Поликарп (ныне схиигумен) и иеродьякон Гавриил (ныне иеромонах) из Задонского мужского монастыря. При этом также присутствовали протоиерей Владимир Кириллов, протоиерей Андрей Изакар. Первая панихида по батюшке прошла во дворе дома, где он жил. Затем его тело перенесли во Введенский храм, где непрерывно читали Евангелие и служили панихиды подъезжающие для прощания с батюшкой священники.
На следующий день, после литургии, гроб с телом иеросхимонаха Нифонта обнесли крестным ходом вокруг храма и направились в Рождество-Богородицкий Задонский мужской монастырь.
От Задонского мужского монастыря автобус с почившим о Господе отцом Нифонтом и вереница следующих за ним легковых автомобилей двигались в храм Параскевы Пятницы села Болховское, что на другом берегу Дона.
При гробе отца Нифонта в автобусе сидела Людмила («Чайка»). Она вспомнила, как батюшка при первой встрече сказал ей: «Через семь лет мы поедем с тобой вместе кататься на машине. Будет очень хорошая весна, и мы этой весной вместе должны радоваться».