При нем была создана правительственная комиссия по снабжению предметами первой необходимости населения местностей, освобождаемых от большевизма. Приказы Колчака категорически запрещали реквизиции у местных жителей, телесные наказания — даже при подавлении крестьянских восстаний. Он заботился о солдатах, прибавляя им жалованье, вникая в вопросы снабжения и быта, многократно ездил на фронт для личных проверок. Пытался он бороться и с коррупцией, рассылая своих ревизоров. Причем карал не только за взятки, но и за попустительство взяточникам. Например, был арестован и отдан под суд начальник военных сообщений ген. Касаткин за то, что не принял мер против взяточничества коменданта станции Омск поручика Рудницкого. Правда, к ощутимым результатам эта борьба не приводила. Снимали и сажали десятки, а продолжали брать и спекулировать тысячи. Ведь коррупция и спекуляция порождались не «белогвардейщиной», а общим безвременьем, падением нравов и русской психологией. Не менее пышно, чем в белых областях, эти явления процветали и в Совдепии. Уж там-то скольких спекулянтов и взяточников ЧК с трибуналами перестреляли, а между тем сами были заражены коррупцией сверху донизу. Что уж говорить о Колчаке, если даже при Сталине коррупцию не извели — наоборот, еще шире развернулась! Где уж было бороться с этим злом белогвардейщине, старавшейся действовать в рамках старых российских законов?
И даже в последний, самый тяжелый год Колчак урывками, по мере возможности возвращался к любимому делу своей жизни — освоению Севера и Арктики. При нем началось строительство Усть-Енисейского порта. В январе 1919 г. в Томске был создан Институт исследований Сибири, были организованы геологическая экспедиция Н. К. Урванцева, Обь-Тазовская экспедиция, ботаническая экспедиция В. В. Сапожникова и гидрографическая Д. Ф. Котельникова. 23.04.19 образовался Комитет Северного морского пути во главе с участником экспедиции Ф. Нансена золотопромышленником С. В. Востротиным, и совместно с Архангельским правительством была организована арктическая экспедиция. Командовал ею известный полярник, сподвижник Колчака по прошлым исследованиям капитан 1-го ранга Б. А. Вилькицкий. Экспедиция на нескольких ледоколах прошла из Архангельска в Сибирь, доставив туда груз винтовок, и в ту же навигацию вернулась обратно, привезя в Северную область сибирский хлеб и валенки для армии. При экспедиции был и научный отдел во главе с К. К. Неупокоевым. Карта полярных морей висела в кабинете Колчака наряду с картой боевых действии. Глядя на нее, он отдыхал душой в минуты усталости, нервного перенапряжения и срывов… И мечтал когда-нибудь вернуться туда, в суровый Ледовитый океан, к близкому и родному делу…
Пожалуй, стоит процитировать и такие строки из дневника Будберга:
"На свой пост адмирал смотрит, как на тяжелый крест и великий подвиг, посланный ему свыше… Едва ли есть еще на Руси другой человек, который так бескорыстно, убежденно, проникновенно и рыцарски служит идее восстановления единой и неделимой России. Истинный рыцарь подвига, ничего себе не ищущий и готовый всем пожертвовать, безвольный, бессистемный и беспамятливый, детски и благородно доверчивый, вечно мятущийся в поисках лучших решений и спасительных средств, вечно обманывающийся и обманываемый, обуреваемый жаждой личного труда, примера и самопожертвования, не понимающий совершенно обстановки и неспособный в ней разобраться, далекий от того, что вокруг него и его именем совершается…"
Летом Сибирской армии Колчака пришлось расплачиваться за то, что ее командующий вовремя не поддержал Западную армию. Теперь красные обходили ее с юга, резали коммуникации, а с фронта навалились окрепшие и усилившиеся за счет пополнений 2-я и 3-я армии большевиков. 1.07 пала Пермь. Колчак наконец-то снял Гайду. Сибирская армия разделилась на 1-ю, под командованием Пепеляева, и 2-ю, Лохвицкого, грамотного и толкового генерала, в мировую войну командовавшего русской бригадой во Франции. Западная армия Сахарова стала 3-й. Главнокомандующим был назначен ген. Дитерихс. Произошли кадровые перестановки и у красных. Командующим Восточным фронтом стал Фрунзе. Планируя битву за Урал, он решил продолжить разгром южного крыла колчаковцев, наиболее потрепанного и деморализованного в майско-июньских боях.