В 6 км от Омска строилась линия обороны. Командование ею было поручено ген. Войцеховскому. Позиция здесь была очень выгодной: излучены Иртыша суживали фронт, прикрытый с флангов рекой и болотами. Но сражения под Омском не произошло. Занимать позиции было некому. Отступление приняло необратимый характер. Последнее двухмесячное сражение и поражение в нем окончательно лишили остатки войск боеспособности. Положение усугубили природные условия. Из-за осенних дождей разлился Иртыш, в Омске началось наводнение. Нижнюю часть города залило, улицы стали реками. В отступающих частях, видящих пути отхода отрезанными, началась паника. А 12.11 внезапные сильные морозы сковали реку льдом. И началось повальное бегство за Иртыш. Одновременно позиция перед Омском стала уязвимой — теперь красным ничего не стоило обойти ее. Воссоздавшийся было фронт рухнул. Эвакуация все больше приобретала характер общего бегства. Стремились уехать не только служащие белых учреждений или «буржуи», но и мирные обыватели, рабочие.
Колчак был в Омске до последнего, 12-го он отправил эшелон с золотым запасом, а сам покинул город в ночь на 13.11. Днем через город потекли арьергарды белых войск, а 14.11 без боя вступили красные. После взятия Омска Восточный фронт был ликвидирован. Преследование Колчака возлагалось на одну 5-ю армию. Из состава 3-й ей передавались 30-я и 51-я дивизии (по 16 полков в каждой!), а остальные части и армейское управление перебрасывались против Деникина. Многие участники событий и мемуаристы впоследствии осуждали Колчака за то, что он до последнего тянул с эвакуацией Омска и заблаговременно не отвел армию на восток. Конечно, это могло бы иметь определенные выгоды, но при этом забывается, что обстановка в Сибири была крайне сложной, и сдача столицы по своим последствиям представлялась (и явилась в действительности) далеко не равнозначной потере очередного населенного пункта.
Кругом зрели заговоры и восстания. Подпольная возня достигла такого размаха, что обо многих заговорах было хорошо известно и контрразведке, и омскому правительству. Так, уволенный ген. Гайда, человек склочный и злопамятный, еще летом при проезде через Иркутск вел переговоры с местными земцами и эсерами о перевороте. Тогда иркутяне осторожно отказались, и Гайда осел во Владивостоке, продолжая подрывную деятельность. Там же, во Владивостоке, осенью стали сосредоточиваться эсеры, планирующие свергнуть Колчака и созвать Земский Собор для установления новой власти. Ген. А. Будберг писал:
"Слепенькие эсерчики усердно работают на пользу Ленина со товарищи: они воображают, что, свалив Омск, они сделаются властью".
Намечались восстания в Иркутске и Новониколаевске (Новосибирске), велись переговоры с чехословаками и Гайдой. О заговоре были прекрасно осведомлены союзные миссии. Представители Англии и Америки извещали свои правительства о скором падении Колчака и создании в Сибири «демократической» власти. Заместитель верховного комиссара Великобритании О. Рейли обсуждал с заговорщиками детали нового правления. Эсеровские главари неоднократно входили в контакты с союзниками, стараясь привлечь их симпатии своей «народностью» и «демократичностью», обрабатывая их против «реакционера» Колчака. Сибирская игра иностранцев все больше приобретала двурушнический характер.
Атаманские режимы Читы и Хабаровска тоже с нетерпением ожидали падения Омска. И тоже с целью дорваться до власти. Намечали автономию Дальнего Востока под руководством Семенова и негласным протекторатом Японии. Большевистская угроза представлялась за Байкалом чем-то далеким, нереальным. Даже зная обо всем этом, омское правительство не могло принять сколько-нибудь решительных мер. Все оставлялось "на потом", внимание сосредоточивалось на фронте. Да и развитие заговоров во многом зависело от фронтовой обстановки. Первое открытое выступление случилось во Владивостоке уже в ночь на 2 октября. Но ген. Розанов, несмотря на протесты ряда союзных представителей, ввел в город войска, и заговорщики тут же утихомирились. Однако это были еще цветочки. Сигналом для большинства недовольных послужило падение Омска.
В ночь с 17 на 18.11 опять поднял мятеж Гайда. Базируясь на станцию Океанская, он во главе чешско-русского отряда двинулся во Владивосток. Розанов, собрав имеющиеся в его распоряжении силы — гардемаринов, юнкеров, офицерскую школу, — нанес ему поражение. Гайда был ранен и скрылся. Восстал гарнизон Новоникола-евска под командованием полковника Ивакина, требуя мира от большевиков и созыва сибирского Учредительного Собрания. Этот бунт тоже удалось еще подавить — польские легионеры, охранявшие Новониколаевский участок Сибирской магистрали, в отличие от чехов, настроенные по-боевому, разогнали мятежников и заставили сдаться. 33 человека (участвовавшие в восстании офицеры) по приговору военно-полевого суда были расстреляны.