Тем временем его премьер-министр В. Н. Пепеляев в Иркутске переформировал состав кабинета и пытался примирить правительство с сибирскими земствами, чтобы предотвратить готовящийся Политцентром взрыв. Он предлагал создать "правительство общественного доверия", однако эсеры и земцы не желали идти ни на какие контакты с Колчаком, открыто взяв курс на переворот. Тогда Пепеляев выехал навстречу адмиралу, чтобы склонить его на уступки и таким образом прийти к мирному выходу из кризиса. А Колчака ждал новый удар. 9.12, добравшись до ст. Тайга, он получил ультиматум от одного из лучших своих генералов, А. Н. Пепеляева. Он с верными ему частями находился в Томске, где в свое время поднимал восстание и сохранил популярность. Пепеляев требовал немедленного созыва сибирского Земского Собора, представив проект соответствующего указа. Кроме того, настаивал на отстранении главнокомандующего Сахарова и расследовании обстоятельств сдачи Омска. Конфликт между Колчаком и Пепеляевым чуть не привел к вооруженному столкновению. Но посредником выступил приехавший из Иркутска В. Н. Пепеляев, брат генерала. Инцидент удалось замять, тем более что какие-то решения все равно приходилось откладывать "до Иркутска", т. е. до возможности хоть как-то контролировать обстановку.
Отставки Сахарова, даже не пытавшегося привести в порядок остатки отступающих войск, потребовал и ген. Дитерихс. 11.12 главнокомандующим был назначен Владимир Оскарович Каппель. Среди всеобщего разброда и развала он в полной мере проявил свои недюжинные таланты полководца и организатора, оказался самым толковым из начальников. И одним из немногих, кто до конца сохранил верность долгу и преданность Колчаку. Адмирал, надорвавший свои силы в клубке измен и поражений, даже предлагал Каппелю, когда тот достигнет Иркутска, принять от него полномочия Верховного Правителя, но тот отказался, сославшись на неготовность. Любимец солдат и офицеров, Каппель сумел сделать невозможное. Под его руководством собирались самые надежные войска, возвращалась их боеспособность. Беспорядочно откатывавшиеся части стали огрызаться арьергардными боями.
Узнав от Пепеляева о том, что творится в Иркутске, Колчак назначил атамана Семенова командующим войсками Дальнего Востока и Иркутского округа, направив ему приказ навести там порядок казачьими частями. А катастрофа продолжала углубляться. Уже с осени отряды разгулявшейся сибирской партизанщины стали сливаться в «армии» — Кравченко, Зверева, Щетинкина, Мамонтова, Рогова, Каландаришвили. Слово «армия», конечно, не стоит понимать буквально, так называл себя любой крупный отряд в несколько сот или тысяч человек. Однако они представляли реальную силу — тем более что при крупных операциях, сулящих богатый грабеж, способны были резко возрастать за счет присоединяющихся крестьян. До поры до времени они держались в безопасной глубинке. Но как только сила сдерживающей их колчаковской власти надломилась, партизаны стали выходить на железную дорогу, полезли на ставшие беззащитными города. Проф. А. Левинсон пишет о событиях этой зимы: "Когда саранча эта спускалась с гор на города с обозами из тысячи порожних подвод, с бабами — за добычей и кровью, распаленная самогонкой и алчностью, — граждане молились о приходе красных войск, предпочитая расправу, которая поразит меньшинство, общей гибели среди партизанского погрома… Ужасна была судьба городов, подобных Кузнецку, куда Красная армия пришла слишком поздно".
С партизанами имели связь и городские эсеры, и большевики. Нельзя сказать, чтобы таежные вояки особо симпатизировали тем или другим, но партизанским вожакам льстило внимание к своим особам, к тому же делаемые им предложения открывали широкие возможности для новых грабежей, и они охотно шли на всевозможные соглашения. Иркутский Политцентр связался с аналогичными заговорами в других городах, в результате чего образовался Сибревком из эсеров, меньшевиков и земских деятелей. В декабре началось общее восстание. 14.12 после боя пал Новониколаевск (Новосибирск), 19.12 восстали шахтеры в Черемхове, 22.12 партизаны Щетинкина захватили Красноярск.
27 января Колчак добрался до Нижнеудинска — в 500 км от Иркутска. В тот же день и здесь началось восстание, власть в городе взяло Политбюро — местный орган Сибревкома. А Жанен из Иркутска распорядился не пропускать далее поезд Колчака и золотой эшелон "в видах их безопасности". Недолго думая, чехи отцепили и угнали их паровозы. Возмущенные протесты ни к чему ни привели. Колчак связался с Каппелем, чтобы силой призвать обнаглевших союзников к порядку. Выполнить этот приказ Каппель не мог. Его войска находились далеко от Нижнеудинска, пробивались через глубокие снега и отражали натиск преследующей их Красной армии. Единственное, что смог сделать Каппель, — послал генералу Я. Сыровому вызов на дуэль. Чех на это, естественно, даже не отреагировал.
