По телефону от председателя РВС 5-й армии Смирнова поступили указания Ленина. И 3–4 февраля Чудновский представил в ВРК список из 18 человек для немедленного расстрела. Не желая излишне возбуждать население в сложившейся критической ситуации, ВРК оставил в списке двоих, Колчака и Пепеляева (остальных колчаковских министров расстреляли позже, в июне.) Как и предписывал Ильич, постановление мотивировалось тем, что
"обысками в городе обнаружены во многих местах склады оружия… по городу разбрасываются портреты Колчака. С другой стороны, ген. Войцеховский, отвечая на предложение сдать оружие, в одном из пунктов своего ответа упоминает о выдаче ему Колчака и его штаба. Все это заставляет признать, что в городе существует тайная организация, ставящая своей целью освобождение одного из тягчайших преступников против трудящихся — Колчака и его сподвижников…"
Тем временем Войцеховский по неисполнении ультиматума перешел в атаку, и каппелевцы прорвались к Иннокентьевской, в 7 км от Иркутска. Город был объявлен на осадном положении, подступы к нему превращены в сплошные линии обороны, предполья залиты водой и простреливались. Но белогвардейцы рвались вперед спасать своего вождя (что не очень-то согласуется с утверждениями советской литературы о непопулярности Колчака в своей армии). Началось сражение за Иркутск, редкое по своей ожесточенности. Обе стороны дрались насмерть, пленных не брали ни те ни другие. Современники упоминают, что такого жестокого боя не видели за всю войну.
В ночь на 7 февраля А. В. Колчак и В. Н. Пепеляев были расстреляны. На просьбу Колчака попрощаться с Тимиревой палачи расхохотались — им почему-то это показалось очень смешным. Адмирал встретил смерть мужественно. Идя на расстрел, пел свою любимую песню "Гори-гори, моя звезда…" На предложение завязать ему глаза отказался. И подарил Чудновскому переданную ему кем-то капсулу с цианистым калием — как христианин, он не считал для себя возможным самоубийство. Расстрел совершился в 4 часа 30 минут утра на берегу р. Ушаковки. Трупы бросили в прорубь на Ангаре. По одной из версий, Колчака столкнули под лед еще живого…
В тот же день большевики поспешили подписать договор с чехословаками о нейтралитете и прекращении венных действий.
Каппелевцам удалось взять Иннокентьевскую и прорвать линии городской обороны. Красные не могли противостоять отчаянному натиску горстки полуобмороженных бойцов. В общем-то Иркутск был обречен. Но вмешались чехи. Заключив договор, они боялись теперь ссориться с красными, чтобы не сорвалась их эвакуация. Рассудив, что, если в полосе железной дороги развернутся бои, их выезд со всем трофейным барахлом окажется затруднен, они под угрозой военных действий отказались пропустить каппелевцев в город через Глазковское предместье, прилегающее к железной дороге. Сражаться со свежим, отлично вооруженным контингентом Войцеховский уже не мог. Штурм был сорван. Каппелевцы отступили от Иркутска и стороной ушли за Байкал. Эвакуация чехословаков завершилась еще через месяц, 8.03. В город вступили части 5-й красной армии.
Анна Тимирева, над душевным подвигом которой в течение десятилетий глумилась и насмехалась советская литература, надолго пережила своего возлюбленного. Она скиталась по тюрьмам, лагерям и ссылкам до 1954 г. Реабилитирована в 1960 г. В оставленных коротких воспоминаниях она писала о Колчаке:
"Он был человеком смелым, самоотверженным, правдивым до конца, любящим и любимым… Он предъявлял к себе высокие Требования и других не унижал снисходительностью к человеческим слабостям. Он не разменивался сам, и с ним нельзя было размениваться на мелочи — это ли не уважение к человеку?.."
Умерла она в 1975 г.
В конце 1919 г. погибла и Уральская белая армия генерала В. С. Толстова. Уральцы продолжали сражаться, несмотря на то, что Колчак все дальше откатывался на восток, соседи-оренбуржцы были разгромлены, а помощь Деникина слабела — осенние штормы на Каспии затрудняли подвоз, Гурьев блокировала красная Астраханская флотилия. В условиях полного окружения ни мириться с большевиками, ни сдаваться им уральцы не собирались. Фрунзе удалось сломить их лишь с наступлением зимы. Для этого он применил целый комплекс мер. Ездил в Москву и выпросил лично у Ленина в виде исключения полную амнистию для сдающихся. Кроме того, применил новую тактику в борьбе с неуловимыми рейдирующими группами уральцев. Его конные отряды и пулеметные заставы начали отрезать казаков от станиц и хуторов, вытесняя в голую зимнюю степь и не подпуская к населенным пунктам. Подорвав таким образом боеспособность уральцев, лишая их возможности партизанских действий, 4-я армия Восканова и экспедиционный корпус 1-й армии перешли в наступление. Казаки отходили, не в силах противостоять красным во фронтальных боях.
