Опять он потерпел поражение, и опять его не сумели поймать. Отсюда он направился в самое сердце Каракумов, где собрал отряд кочевников и начал набеги на большевиков, ускользая от их ударов в глубины песков. Красные обратились к враждебным ему племенам. С их помощью разыскали в пустынях отряд Джунаида и разгромили. Взять неуловимого хана большевикам так и не удалось, но после этого поражения он ушел окончательно — за границу.
Разгромив уральцев Толстова, в Туркестан прибыл Фрунзе, облеченный властью не только командующего фронтом, но и полномочного представителя ВЦИК и Совнаркома. Когда он принял у Куйбышева военное руководство, активными здесь оставались Ферганский и Семиреченский участки. После взятия Новониколаевска (Новосибирска) одна из красных дивизий повернула в Казахстан против группировки атамана Анненкова. В Семипалатинской области шли бои. Войска Анненкова с отрядами казахской Алаш-Ордынской милиции, теснимые на юг, и Семиреченское казачество ген. Щербакова оказались в положении двух бойцов, отбивающихся спина к спине. В середине января казаки Щербакова перешли в наступление. Оно не удалось. Красные войска здесь из отдельных партизанских отрядов были уже организованы в 3-ю Туркестанскую дивизию, усилены вооружением, сцементированы переброшенными через Ташкент подкреплениями. Потерпев поражение, казаки отступили и укрылись в горной крепости Копал.
А на Ферганском участке установилась довольно своеобразная война. Советские войска беспрепятственно занимали города и кишлаки, при их приближении басмачи уходили. Среди них действовал как бы негласный запрет — не вступать в бой с регулярными частями. Впрочем, объяснить это легко — в повстанческих отрядах лишь третья или четвертая часть бойцов была вооружена, да и то чем попало, вплоть до старинных охотничьих ружей. Куда им было идти против артиллерии и пулеметов? Зато басмачи громили местную милицию, нападали на организуемые советские органы. Их предводители — курбаши постоянно враждовали между собой. Ссорились из-за ориентации, из-за сфер влияния и контролируемых районов. Учитывая их междоусобицы, большевики взяли курс на дальнейшее разобщение повстанческого движения и принялись переманивать его вождей на свою сторону. Их замысел удался. Из-за раздоров и взаимных обид к красным переходил то один, то другой курбаши. Перешел отряд Парпи численностью 3 тыс. чел., за ним отряды Махкам-Ходжи и Акбар-Али в 2600 чел. (из них лишь 600 вооруженных, откуда хорошо видна боеспособность басмачей).
Здесь, в Туркестане, фактически облеченный диктаторской властью, Фрунзе проявил себя очень ярко. Выступил эдаким азиатским владыкой, достойным своего кумира Тамерлана. Он прекрасно понимал, что "восток — дело тонкое", и сочетал в своих комбинациях и силу, и хитрость, и коварство.
Самыми сильными противниками на Ферганском участке были "крестьянская армия" Монстрова и "мусульманская народная армия" Мадамин-бека (точнее Мухамед-Амин-бека Ахметбекова). После распада их союза они между собой враждовали. Красный отряд Соколова нанес поражение повстанцам Монстрова, и тот через посредников начал зондировать у Куйбышева почву для мира. Узнав об этом «предательстве», Мадамин-бек всеми силами обрушился на отряды Монстрова и разгромил их. Вскоре и сам Мадамин-бек подвергся удару частей 2-й Туркестанской дивизии, понеся серьезные потери. В ответ он неожиданным налетом уничтожил красный отряд, стоявший в кишлаке Мын-Тюбе и потерявший бдительность. А Монстров со своими повстанцами явился в Джалал-Абад, прося у красных защиты и предлагая им союз против Мадамин-бека. Как же поступил Фрунзе? Передал трибуналу и расстрелял пришедшего к нему Монстрова вместе с прочими руководителями "крестьянской армии". О чем известил Мадамин-бека, предлагая ему союз и дружбу. "Враг моего врага — мой друг". Кроме того, он обещал оставить под началом курбаши все его воинство, назначив его командиром полка. И грозный Мадамин-бек согласился. Его отряд вошел в состав Красной армии под названием 1-го Узбекского Маргиланского кавалерийского полка. Хитрой игрой Фрунзе устранил сразу двух противников. Ход был тем более выигрышным, что откликнулся на остальном басмачестве. Другой видный курбаши, Ахунджан, выразил желание перейти в Красную армию на тех же условиях. Фрунзе и его принял. Его отряд стал 1-м Тюркским красным полком. Даже болезненное соперничество между курбаши учитывалось в названиях их частей даже — никаких «вторых» полков, все "первые".