Летом 1916 года «Кубанский конный отряд особого назначения» ввели в состав 3-конного корпуса генерала графа Ф. А. Келлера. В подчинение Шкуро переделали еще несколько небольших числом партизанских отрядов. Получилась конная группа, которая совершила 70-верстный рейд по вражеским тылам. Такой глубокий рейд конницы в историй Первой мировой войны оказался редок.
После Февраля 17-го года Шкуро добился перевода своего отряда на Кавказский фронт, где действительно можно было в горах «повоевать коннице». Там он оказался в рядах русского экспедиционного корпуса генерал-лейтенанта Н. Н. Баратова, действовавшего в Персии. Эти места были знакомы Шкуро еще по его офицерской юности, когда он отличался в схватках с шахсеванами. Воевать же партизанскому отряду пришлось в горах, где линия фронта была обозначена только на штабных картах.
В Персии, в приграничье с Турцией, шкуринские партизаны столкнулись с «партизанскими» ополчениями курдских племен, которыми начальствовал германский полковник Нидермайер. Шкуро успешно вел набеговые операции в Курдистане, в августе 17-го вел бои в районе Гаранского перевала, совершая рейды в лежащую за ним Мерванскую долину. Далеко заходить во вражеский тыл партизанам не приходилось: союзники-англичане не желали, чтобы Россия активизировала свои операции у границ Месопотамии (современного Ирака). Осенью 1917 года война «заглохла» и на Кавказском фронте.
За действия в Персии Андрей Шкуро был произведен в полковники и представлен к награждению орденом Святого Георгия 4-й степени, но получить его не успел. Подчиненные же, пользуясь правом, дарованным нижним чинам Временным правительством, «наградили» любимого лихого отрядного командира солдатскими Георгиевскими крестами 4-й и 3-й степени.
Полковник А. Г. Шкуро назначается командиром кубанского 2-го Линейного казачьего полка. Повоевать ему во главе полка не довелось: октябрь 17-года вывел Советскую страну из мировой войны. Началась демобилизация старой русской армии. В морозную ночь 26 декабря на казачьего полковника было совершено покушение, но среди нескольких пулевых ранений ни одно не оказалось смертельным.
В начале 1918 года партизанский отряд был расформирован. С частью своих партизан Шкуро, уже объявленный «злейшим врагом советской власти», сумел через Дагестан пробраться в район Кисловодска. Там он на время затаился. Своей открытой враждебности к новой власти он не скрывал, хотя за это можно было запросто поплатиться жизнью. Тем временем на Юге России уже зачиналась Гражданская война. Казачий полковник был арестован, но ему удалось во Владикавказе бежать из тюрьмы.
Шкуро начал собирать вокруг себя верных людей, укрывшись в горных лесах у станицы Бекешевской. Здесь 25 мая 1918 года он зачитал приказ № 1 по созданному им отряду, который состоял из семи офицеров и шести казаков, имевших на вооружении 4 винтовки, 2 револьвера и 2 бинокля. Так на Кубани начиналась партизанская война, вспыхнула первая искра восстания казачества против власти большевиков в районе Кисловодска.
Отряд «волков-партизан» рос быстро: красный террор бросил в его ряды не только кубанских и терских казаков. Против власти Советов восстала вся станица Суворовская, которая поставила в строй три конные и две пластунские сотни. Руководил выступлением есаул Русанов, который стал верным соратником Шкуро на всю Гражданскую войну. Примеру Суворовской последовала соседняя станица Воровсколесская. Вскоре запылал весь Баталпашинский отдел Кубанского казачьего войска.
Советская власть ответила карательными мерами и жестокими расправами над казачьим населением Северного Кавказа. Кисловодское ЧК взяло в заложницы жену Шкуро и, угрожая расправой над ней, предложило полковнику сдаться. Тот отправил в Кисловодск ответное письмо:
«Если большевики убьют мою жену, то клянусь, что вырежу в свою очередь все семьи комиссаров, какие мне попадутся в руки. Относительно же моей сдачи передайте им, что тысячи казаков доверили мне свои жизни, и я не брошу их и оружия не положу…»
Жене Шкуро удалось совершить побег, и до конца октября она скрывалась в горах близ Нальчика. Тем временем белоказачий полковник организовал нападение на Кисловодск, но в той ситуации город удержать не смог. Местный красногвардейский гарнизон был разгромлен, а из тюрьмы освобождено несколько сотен заложников, которым грозил расстрел.
В самое короткое время партизанский отряд А. Г. Шкуро вырос численно почти до десяти тысяч человек. Он представлял собой дивизию из трех конных полков (кубанских 1-го и 2-го Хоперских и терского 1-го Волгского), пластунской бригады из трех батальонов (один был из терских казаков), конного Горского (черкесского) дивизиона.