В 1940 году переведен в Ленинградское высшее военно-морское пограничное училище НКВД.
С 26 июня 1941 года краснофлотец, в составе 1-го батальона морской пехоты курсантов училища, который был направлен на фронт под Таллин.
В июле 1941 года направлен в дивизион тральщиков, сформированный из морских буксиров типа «Ижорец». Дивизион занимался тралением мин противника в районе Финского залива, проводкой судов в районе Таллин – Кронштадт. Последнюю проводку группы судов дивизион провел при эвакуации Таллина 24 августа 1941 года.
В октябре 1941 года М.А. Соколов отозван для продолжения учебы.
С ?? по 10 ноября 1941 года находился на излечении по ранению в Ленинградском институте скорой помощи.
В декабре 1941 года, машина с курсантами, проезжая на по льду у берега провалилась под лед. Курсанты, в том числе и Соколов М.А., оказались в ледяной воде. Соколов М.А. заболел туберкулезом.
С 15 декабря 1941 года по 13 января 1942 года находился на излечении по болезни в полевом подвижном госпитале ППГ-731.
14 января 1942 года направлен Волховским военно-пересыльным пунктом для дальнейшего прохождения службы в Ленинградское высшее военно-морское пограничное училище НКВД.
С ?? по 23 мая 1942 года находился на излечении по ранению в военно-морском госпитале Каспийской военной флотилии.
В сентябре 1942 года окончил Высшее военно-морское училище им. М.В. Фрунзе в Баку и получил звание лейтенант.
С сентября 1942 года по январь 1943 года лейтенант, начальник штаба 5-го дивизиона катерных тральщиков Астраханской военно-морской база Каспийской военной флотилии, который обеспечивал противовоздушную и противоминную оборону Астраханского рейда.
С января 1943 года по февраль 1943 года лейтенант, помощник командира большого охотника БО-104 «Зенитчик» Каспийской военной флотилии.
С февраля 1943 года по апрель 1943 года помощник командира малого охотника М-11 3-го дивизиона СКА Каспийской военной флотилии.
Весной 1943 г. часть катеров (включая и М-11) Каспийской флотилии была перебазирована по железной дороге в состав Азовской военной флотилии Черноморского флота.
С апреля 1943 года по сентябрь 1943 года лейтенант, помощник командира малого охотника СКА-0412 12-го дивизиона СКА Азовской военной флотилии Черноморского флота. С этого времени сражался на Азовском и Черном морях.
26-27 апреля 1943 года лейтенант Соколов М.А. руководил огнем при отражении налетов авиации противника на Ейск.
24 июля 1943 года опубликована статья «Бой катеров на Черном море» в газете «Красный флот» № 173, в которой упоминается М.А. Соколов.
29 июля 1943 года опубликована статья «Две операции катеров» в газете «Красный флот» № 177, в которой упоминается М.А. Соколов.
Лейтенант Соколов М.А. в операции по высадке десанта в районе поселка Безымянный в ночь с 29 на 30 августа 1943 года («Таганрогский десант») проявил образцы мужества и отваги в борьбе с немецкими захватчиками. Лейтенант Соколов М.А., будучи штурманом на головном катере в течение всего похода обеспечивал точность кораблевождения, благодаря умению и образцовой работы десант был высажен в назначенную точку. В момент, когда десант был на борту катер неоднократно подвергался атакам вражеской авиации. Лейтенант Соколов М.А. умело управлял огнем своего катера. Благодаря героическим действиям Соколова М.А. все атаки вражеской авиации были отбиты.
2 сентября 1943 года опубликована статья «Операции малых охотников против берега» в газете «Красный флот» № 207, в которой упоминается М.А. Соколов.
7 сентября 1943 года награжден орденом «Красная Звезда» (№ 182835).
В сентябре 1943 года принят кандидатом в члены ВКП (б) парткомиссией при Азовской военной флотилии Черноморского флота.
В сентябре 1943 г., при освобождении городов Приазовья, старший лейтенант Михаил Соколов был командиром бронекатера №124.
17 сентября 1943 года при освобождении города Осипенко (Бердянск) производилась высадка десанта тремя отрядами. Одним из них, демонстрационным, в составе БКА № 124 и двух полуглиссеров командовал Соколов М.А. После этих событий, как отличившийся, старший лейтенант Михаил Андрианович Соколов был назначен командиром БКА № 132 3-го дивизиона бронекатеров Азовской военной флотилии Черноморского флота.
Лейтенант Соколов М.А., командуя бронекатером БК-132 в ночь со 2 на 3 ноября 1943 года («Керченско-Эльтигенский десант») с 22-25 до 23-05 высадил штурмовой отряд в количестве 35 человек в районе Глейки, который быстро закрепился на берегу. Действия десанта на берегу были поддержаны артогнем бронекатера. Закончив выгрузку и поддержку десанта, БК-132 подошел к борту сторожевого катера СКА-1, принял от него 52 человека десанта, который высади в районе Глейки, после чего пошел на косу Чушка за вторым штурмовым отрядом. В 2ч. 35 мин. приняв второй отряд количеством 40 человек, в 03-45 высадил его в районе Опасная. Не смотря на артиллерийско-минометно-пулеметный огонь противника, лейтенант Соколов М.А. умелым маневром десант высадил – все три рейса без потерь.