Однако Бернини был не только гениальным скульптором, но и выдающимся архитектором. Он выполнял самые ответственные заказы римских пап и официально возглавлял все архитектурные, декоративные и скульптурные работы, проводимые по украшению столицы. Одной из его выдающихся архитектурных сооружений является церковь Сант-Андреа аль Квиринале (1653—1658 года). Строительство в Риме собора святого Петра, а также оформление площади перед собором (1656—1667) является его крупнейшей архитектурной работой. Согласно замыслу архитектора обширное пространство площади замыкают две монументальные колоннады. Они расходятся от главного фасада сооружения, образуя форму трапеции, которая постепенно переходит в грандиозный овал, подчеркивающий подвижность композиции. Четырехрядная крытая колоннада состоит из 284 колонн и 80 девятнадцатиметровых столбов. Ее аттик венчают 96 статуй. При движении по площади перед зрителем разворачивается весь архитектурный ансамбль. Украшением площади служат два фонтана с египетским обелиском, расположенным между ними. Архитектура барокко вообще является искусством площадей. Это в значительной мере театрализация жизни, которая выносится на площадь, и где не только профессиональные актеры, но уже и зрители являются участниками сценического действа. Тенденции театральности в архитектуре были настолько сильны, что иногда целые города становились театральными подмостками и египетские обелиски были очень важным элементом этой самой глобальной театральности. Вообще, всё, что касается египетских обелисков в Риме эпохи барокко было непосредственно связано с Афанасием Кирхером. Рим эпохи барокко расцветал, можно сказать, под знаком трёх Б: Бернини, Борромини и кардинала Барберини, будущего папы римского Урбана VIII. В основном покровительство Кирхеру оказывал именно Александр VII. Но не только этот папа, но и его предшественники, папы Урбан VIII и Иннокентий X, обращались к Кирхеру как к признанному знатоку египетской мудрости с просьбами расшифровать иероглифическую надпись на том или ином обелиске. Один из таких обелисков является элементом знаменитого фонтана «Четыре реки», созданного великим скульптором и архитектором Джованни Лоренцо Бернини и установленного на Пьяцца Навона в Риме. Общий замысел композиции фонтана был реализован в соответствии с рекомендациями Кирхера. Это лишний раз подтверждает мысль о том, что два выдающихся человека своей эпохи: скульптор и изобретатель находились в самом тесном контакте, а, следовательно, изумительная шлифовка мрамора, в результате которой мрамор становился мягким как воск и податливым как пластилин, могла быть достигнута в результате какого-то особого приспособления, придуманного и осуществлённого знаменитым эрудитом. Заметим, что, например, шлифовкой линз занимался в это время в Голландии никто иной, как сам великий философ Спиноза. И его линзы ценились на вес золота. Здесь следует привести перечень тех конкретных изобретений, которые оставил после себя Афанасий Кирхер, чтобы понять, насколько результативным с точки зрения технологии шлифовки мрамора мог оказаться союз учёного и скульптора. Итак, за Кирхером числятся следующие изобретения: построил специальную машину, с помощью которой можно получить нотную запись песен птиц; привел нотную запись голосов курицы, петуха, кукушки и перепела; разбирал влияние музыки на человека в зависимости от его темперамента; изобрел прибор для слабослышащих и мегафон; описал фосфоресценцию и флуоресценцию; Сконструировал магнитные часы; первый описал искусственно вызванное каталептическое состояние у животных; доказал, что прутик лозоходца не реагирует на воду или металл, если не находится в руках человека (и этим спас множество невинных людей – с помощью этого прутика искали убийц); сделал несколько гидравлических музыкальных автоматов; построил прообраз синтезатора, на котором можно было получать различные тембры духовых, струнных и шумовых инструментов, а также программировать мелодии в пределах звукоряда инструмента; первый применил микроскоп для изучения крови больных чумой и пришел к выводу, что болезнь вызывается микроорганизмами. Он же предложил действенные меры для борьбы с болезнью – изоляция, карантин, сжигание одежды заболевших и ношение защитной маски. А что если предположить, что филигранную шлифовку мрамора Бернини, по совету Кирхера, мог осуществлять под микроскопом, дабы избавляться от всех даже мельчайших шероховатостей. Вот и получится идеальная имитация любого материала: от человеческого тела до бархата.
Спускался в кратер вулкана Этна на Сицилии. Создал теорию вулканизма и циркуляции воды внутри тела Земли. По его мнению, ядро Земли представляет собой огненно-жидкую массу, окруженную твердой корой, в которой находятся очаги магмы, изливающейся через жерло вулканов. Был одним из инициаторов первой магнитной съемки Земли. Создал географическую карту Атлантиды. Её очертания довольно точно соответствуют неизвестным еще во времена Кирхера линиям глубин океана.
