Назначив себя военным губернатором Ташкента, Черняев ожидал известий из Санкт-Петербурга относительно собственной судьбы. Там все высшее руководство, включая царя Александра, с изумлением перечитывало донесение о захвате города и умиротворении его жителей. В нем Черняев расхваливал доблесть своих войск, расточая особую хвалу целому ряду офицеров и солдат. Среди них был священник отец Малое, который пронес сквозь пламя сражений свой крест, а потом до конца жизни так и остался в Ташкенте. Черняев правильно предположил, что если имперский флаг взвился над Ташкентом, царь не пожелает видеть его спущенным. Поэтому он рекомендовал придать городу статус независимого ханства, но под российским покровительством.
Чтобы узнать, как оценена его отчаянная азартная игра, Черняеву долго ждать не пришлось. Царь назвал это «великолепным делом». Неповиновение было прощено, ведь оно окупилось успехом. С минимумом хлопот и потерь Черняев добился того, чего Александр жаждал сам, но боялся, что не сможет ничего добиться без использования куда больших сил. Царь немедленно представил Черняева к кресту св. Анны, отличившиеся офицеры тоже были достойно вознаграждены. Нижним чинам выплатили по два рубля каждому. Одновременно Санкт-Петербург набирался сил в предвидении британских протестов, которые казались неизбежными в свете недавнего меморандума князя Горчакова. Дабы опередить их, в опубликованном в санкт-петербургских газетах официальном извещении о победе Черняева занятие Ташкента объявлялось не более чем временным и настаивалось, что это было сделано исключительно для защиты Ташкента от захвата его Бухарой. Как только опасность исчезнет, будет восстановлена независимость Ташкента под управлением его собственного хана.
Британское правительство, как и ожидалось, отреагировало должным образом. Указывалось, что Ташкент расположен далеко от тех границ, которые князь Горчаков назвал в своем известном меморандуме южными пределами России. Кроме того, Лондон добавлял, что взятие Ташкента штурмом «вряд ли совместимо с выражаемым российским правительством намерением уважать независимость государств Центральной Азии». Но уже никто всерьез не ожидал ранее обещанного Санкт-Петербургом вывода войск из Ташкента. Этого и не случилось. Когда шумиха улеглась, объявили об учреждении нового, Туркестанского генерал-губернаторства. Ташкент становился его военным и административным штабом, а также официальной резиденцией генерал-губернатора. Санкт-Петербург не счел нужным оправдывать это ничем, кроме заявления, что ход этот вызван «военной целесообразностью». Граф Милютин написал: «Нам нет нужды просить прощения у министров Британской Короны за каждое наше свершение. Они отнюдь не торопятся совещаться с нами, когда завоевывают целые королевства, оккупируют иностранные города и острова. Мы же не просим, чтобы они оправдывались в своих действиях».
