При взгляде назад становится очевидным, что с момента принятия генералом Кауфманом нового поста генерал-губернатора Туркестана дни независимых ханств Центральной Азии были сочтены. Несмотря на все гарантии Горчакова, стало ясно, что их поглощение в той или иной форме является основной целью Российской империи. Мы уже отмечали, что для этого имелись три главные причины. Первая — опасения, что раньше туда проникнет Британия и монополизирует торговлю в регионе. Российские торговцы и производители давно положили глаз на неиспользованные рынки, а также на ресурсы Центральной Азии, особенно ее хлопок-сырец. Вторым стоял вопрос имперской гордости. Блокированная в Европе и на Ближнем Востоке, Россия стремилась исправить положение, демонстрируя свою военную мощь колониальными завоеваниями в Азии. В конце концов, то же самое другие европейские державы проделывали почти по всему свету. Наконец, учитывался и стратегический фактор. Если в случае конфликта с Англией ахиллесовой пятой России издавна считалась Балтика, то уже давно стало очевидно, что наиболее уязвимой точкой последней была Индия. Поэтому России целесообразно было завести базы в Центральной Азии, с границ которой можно было убедительно грозить военной мощью.
Не стоит повторять, что с тех пор каждый российский ход в Центральной Азии был частью великого проекта, тщательно продуманного в Санкт-Петербурге, с чем, кстати, вполне согласен советский историк Халфин. Да, действительно, прежде среди министров и советников царя имелись серьезные разногласия насчет желательности сохранения за Россией Ташкента. Но на местах, особенно у генерала Кауфмана, никаких подобных сомнений не было — он и его сторонники понимали, что обладание Ташкентом дает ключ к завоеванию Центральной Азии. Его захват российскими войсками эффективно вбил клин между территориями Бухары и Коканда, позволив заниматься ими по отдельности. После взятия Черняевым Ташкента и отказа англичан прийти ему на помощь хан Коканда заключил соглашение с русскими. Это защитило тыл Кауфмана и позволило ему сконцентрировать силы на завоевании Бухары. Оправдания вторжению в эмират долго искать не пришлось. Уже в апреле 1868 года до Ташкента дошли сведения, что войска Бухары сосредоточиваются в Самарканде и собираются пересечь границы владений эмира с целью вытеснить русских из Туркестана.
Кауфман немедленно выступил на Самарканд с отрядом всего лишь в 3500 солдат — все, что удалось собрать. Однако встретил он лишь весьма незначительное сопротивление разрозненных отрядов бухарских войск, командиры которых конфликтовали между собой, а при его подходе обратились в бегство. На следующее утро к Кауфману прибыла делегация горожан с сообщением, что все войска ушли и что город желает сдаться. Таким образом, 2 мая 1868 года Самарканд был поглощен Российской империей ценой потери двух убитых и тридцати одного раненого. Для России его падение имело особое значение. Именно отсюда почти 500 лет назад великий монгольский завоеватель Тамерлан начал роковое нашествие на Московию. Захват этого легендарного города с его великолепными архитектурными сокровищами, включая могилу самого Тамерлана, воспринимался как сведение древних счетов. Не меньшим был значение его падения в восприятии населения Центральной Азии: сокрушительный психологический эффект закреплял за Россией репутацию непобедимой державы.
Оставив в Самарканде небольшой гарнизон, Кауфман ринулся преследовать главные силы бухарских войск и настиг их в 100 милях от столицы эмира. Несмотря на огромное неравенство в численности, тактическое превосходство и высокая боеспособность войск Кауфмана за день обратили бухарцев в бегство. Но дальнейшее преследование оказалось невозможным — крупные силы бухарских войск, прежде не обнаруженные разведчиками, атаковали российский отряд, оставленный в Самарканде. Многие горожане поддержали нападавших, мотивируя это стремлением избежать разрушения города. Положение русских, которые отошли к цитадели, становилось час от часу все отчаяннее. Наконец, отказываясь сдаваться, они решили взорвать склад боеприпасов с собой вместе. Но решительные действия Кауфмана их спасли. Подоспев к Самарканду, он отбросил нападавших, хотя к тому времени защитники города потеряли 50 человек убитыми и почти 200 были ранены.
