Пока решается судьба Орсини и их союзников, сын папы, даже не присутствуя лично, утверждает свою власть в Романье через специальных комиссаров, назначенных им в каждом городе. В герцогстве Урбинском постоянно вспыхивают бунты — им управляет твердая рука Педро Рамиреса, испанского офицера. Де Валентинуа пользуется беспорядками, чтобы вновь поставить под угрозу договор, заключенный Гвидобальдо. Он приказывает атаковать крепости, остававшиеся у потерявшего власть герцога. Оттавиано Фрегозо и Палмерио Тиберти осаждают Сан-Лео и Майуло, а Уго де Монкада стоит лагерем около Кальи. Камерино пока оставили в покое. Аннибале и Венанцио Варано, которые могли бы спастись и попытаться захватить сеньорию своего отца, в феврале задушены в Каттолика племянником Микеллотто Кореллы.
Теперь, когда Чезаре одержал полную победу над всеми своими врагами, он может откликнуться на призыв своего союзника — короля Франции, который терпит неудачи в королевстве Неаполитанском. Разбитый в Калабрии Стюарт д’Обиньи был взят в плен испанцами. Герцог Немурский, потерпевший поражение при Чериньола 28 апреля, выдерживал долгую осаду в замке Шато-Неф Неаполитанском и был вынужден сдаться 12 июня. Севернее, в Гаэте, французы пока еще держатся. Король направляет в королевство Неаполитанское маркиза де Салюса — он должен освободить города. А в это время он готовится атаковать Фонтарабию и даже Барселону и Валенсию. Теперь ему нужна помощь всех его союзников в Италии: он просит их присоединиться к новой армии, ею командует де Ла Тремуль. Сразу же дают свое согласие Флоренция, Феррара, Мантуя. Но Александр VI и его сын колеблются. Однако все уже готово для участия Чезаре в новой неаполитанской кампании. За подготовкой следил его отец. Своими обычными способами он нашел необходимые деньги. В марте он создал восемь новых должностей в Ватикане, потребовав 760 дукатов с каждого претендента. Микеллотто выявил некоторое количество так называемых марранов, способных заплатить крупные штрафы. 10 апреля, когда умер венецианский кардинал Джованни Микьели, понтифик захватил все его состояние — 15 000 дукатов, некоторые драгоценности и очень красивую серебряную посуду. Эта смерть тоже вызвала подозрения, потому что кардинал проболел всего два дня и болезнь сопровождалась сильной рвотой. Посол Джустиниани написал по этому поводу Совету Десяти: «У папы это вошло уже в привычку — откормить своих кардиналов, а потом отравить, чтобы унаследовать их состояние».
Были и другие быстрые и полезные для папы смерти, но есть основания предполагать, что Микьели был именно отравлен. В 1504 году при Юлии II секретарь кардинала Асквинио де Колорадо, приговоренный к смерти, перед казнью признается, что дал яд Микьели по приказу Александра и де Валентинуа. Но нужно с большой осторожностью относиться к этим признаниям, вырванным под пытками или благодаря лживым обещаниям. Искусство изготовления ядов было далеко не совершенно: смеси содержали ядовитые вещества, которые при кипячении или вымачивании теряли свои губительные свойства. Конечно, не исключено, что Борджиа использовали зеленый порошок из шпанской мушки (
Но денег богатого венецианского кардинала оказалось недостаточно. Тогда 31 мая папа назначает девять новых кардиналов. Прежде всего, это его приближенные: протонотариус Хуан Кастелар, епископ Трани; губернатор Рима Франсиско Ремолинес, епископ Сорренто; Джакомо Казанова, секретарь и камергер папы; Франсиско Лорис, епископ Эльны и будущий патриарх Константинопольский. Остальные пятеро принадлежат к дружески настроенным к Борджиа державам. Это Франциск Содерини, епископ Вольтерры; Мельхиор де Меккау, епископ Брессанона (или Бриксена) в Тироле; Никола де Флиско, епископ Фрежюса в Провансе; епископ Леона в Испании Франсиско де Спратс и протонотариус Адриен Кастеллеси де Корнето, епископ Херефорда, Бата и Уэлса в Англии. Пятеро из них — испанцы, их которых двое родственники папы и один друг юности Чезаре — Франсиско Ремолинес. Епископ Вольтерры, направленный исполнять должность легата при Чезаре — брат пожизненного знаменосца Флоренции. Как полагают, новые князья Церкви заплатили за свои красные шапки от 120 000 до 130 000 дукатов.