Конечно же, священник вывел Нокса из себя своим заявлением о том, что католическая церковь обладает всей полнотой власти в отношении того, обвинять кого-либо в ереси или нет. Возмущенный этими словами, Нокс поднялся посреди проповеди, заявив, что католическая церковь деградировала по отношению к ранней церкви более, чем евреи по отношению к своему закону, когда осудили Иисуса. Нокс также сказал, что может доказать это. Разнервничавшийся священник отказался прилюдно дискутировать с Ноксом, но прихожане потребовали, чтобы тот доказал им свои слова. Нокс с готовностью принял вызов.
Известие о грядущей проповеди Нокса облетело весь приход. В следующее воскресенье многие известные горожане и преподаватели университета собрались в церкви, с нетерпением ожидая выступления Нокса. Многочисленные священники и монахи-стоики со всей Шотландии также посетили небольшую приходскую церковь, питая надежду, что их присутствие устрашит его. Джон Мэйджор, знаменитый богослов, тоже присутствовал, но из уважения к Ноксу.
Нокс уверенно вошел в зал, взобрался по лестнице за кафедру и выступил со своей первой проповедью, абсолютно искромсав католическое учение. В своем выступлении Нокс основывался на отрывке из Книги пророка Даниила 7:24,25. Он красноречиво объяснил представленное там видение, подробно описав вавилонский, персидский, греческий и римский символизм. Последний из них - римский - Нокс назвал не чем иным, как католической церковью и папством. Он назвал католическую церковь дьявольской синагогой, провозгласив ее режим антихристианским. Нокс атаковал ереси папской власти и рассказал о скандальных страницах жизни Римских Пап, ссылаясь на источники, опубликованные в других странах. Основываясь на Новом Завете, он назвал еретическими утверждения о существовании чистилища, охарактеризовал молитвы, возносимые за мертвых, как колдовство и провозгласил порочность практики воздержания от брака и от употребления мяса. После этого Нокс критически разобрал церемонию проведения мессы, назвав ее богохульной перед лицом Иисуса Христа. Наконец, Нокс под самый корень подрубил всю католическую систему, провозгласив Папу Римского антихристом - причем не только его, но и всех, кто следовал за ним.17
Ни один человек не осмелился прервать выступление Нокса. Когда же проповедь была окончена, она вызвала великую радость среди протестантов. Несмотря на то, что многие протестантские проповедники активно распространяли Евангелие в Шотландии, а некоторые из них даже приняли мученическую смерть, никто из них не давал такого четкого и подробного объяснения делу Реформации. Некоторые люди говорили, что Уишарт никогда не выступал с такой прямотой, как Нокс, но даже это не спасло его от смерти на костре. В свете происходящих в то время событий большинство людей было уверено, что следующим мучеником станет именно Нокс.18
Несколько католиков позже пригласили Нокса на специальное собрание, чтобы он ответил на вопросы, возникшие в связи с его проповедью. Он откликнулся и ответил на их обвинения с такой потрясающей тщательностью, что его враги лишились дара речи. Ту встречу Нокс решил завершить сам, поэтому сказал:
"Если вы хотите принадлежать к этой церкви, я ничем не могу вам помешать; но что касается меня, то я не вижу себя ни в какой другой церкви, кроме той, где пастором является Иисус Христос, той церкви, которая слышит Его голос и не слушает голос чужака".19
Вне всякого сомнения, Нокс принял свое призвание и стал действовать в соответствии с ним. Он перестал быть пешкой.
Уже в самом начале своего служения Нокс глубоко изучил инфраструктуру католической церкви в Шотландии. Он стал представлять для нее такую опасность, что духовенство издало указ, в соответствии с которым выступать с воскресной проповедью могли лишь католические священники и известные университетские преподаватели. Нокс обошел это постановление, став проповедовать в другие дни недели, собирая толпы слушателей, которые, выслушав его, отрекались от католицизма и становились протестантами.
Почувствовав себя обреченными, шотландские католики обратились к Франции за военной помощью, призвав французские войска прийти и осадить замок Сент-Эндрюс, чтобы изгнать оттуда протестантов и посадить их в тюрьму. Нокс вместе со своими сторонниками вынужден был уступить. В июле 1547 года защитники замка заключили с французами договор, согласно которому те даровали повстанцам свободу при условии, что они мирно переберутся во Францию.
Однако, когда корабль с протестантами на борту достиг берегов Франции, договор был нарушен. Всю группу погрузили на корабли, а потом приговорили к каторге на галерах. Следующие девятнадцать месяцев Нокс провел закованным в цепи от шеи до ног и тяжело работающим в открытом море.