В 1530 г. папа Климент VII, сам в прошлом рыцарь-иоаннит, обратился к владыке «Священной Римской Империи» и королю Испанскому Карлу V Габсбургу с просьбой даровать изгнанному с Родоса Ордену госпитальеров прибежище на острове Мальта. Император благосклонно отнесся к этому ходатайству и своей хартией передал Ордену Святого Иоанна в вечное владение острова Мальта, Гоцо, Комино и Коминотто, а также город Триполи в Ливии. Император надеялся, что рыцари-иоанниты, искусные мореходы, будут защищать его корабли в Средиземноморье от нападений турецких корсаров и не допустят создания турецких военно-морских баз в Триполитании. Осевшие на Мальте рыцари Святого Иоанна, в качестве символической дани, обязались ежегодно преподносить Карлу V (через его вице-короля на Сицилии) белого охотничьего мальтийского сокола в знак вечной признательности госпитальеров за монаршую щедрость. Кроме этой символической дани, их суверенитет, по сравнению с «родосским периодом», был ограничен еще и запретом чеканить собственную монету (этот запрет был отменен лишь позднее, при Великом Магистре де Гомедесе).
Важные события в истории Ордена Святого Иоанна произошло во время Реформации. Бальи и рыцари Бранденбургского бальяжа Ордена в Германии, как упоминалось выше, приняли новую лютеранскую веру. В Англии король Генрих VIII, яростно боровшийся с папским Римом, упразднил католический Орден, конфисковал имущество английских рыцарей- госпитальеров и казнил многих из них. Правда, Орден был снова учрежден в Англии хартией (Указом) королевы Виктории, но произошло это спустя 300 лет - в 1888 году, и уже не с Папой, а с британским монархом во главе. Ниже мы несколько подробнее осветим эту тему.
В 1565 г. Орден иоаннитов, теперь уже называвшийся Мальтийским, под предводительством своего самого выдающегося Великого Магистра - Жака Паризо де ла Валетта - успешно отразил нападение турок на Мальту в ходе одной из наиболее знаменитых осадных кампаний в истории военного искусства. Город Ла Валетта, воздвигнутый внутри мощных фортификационных сооружений, не раз отражавших нападения воинов ислама, был назван в честь Магистра - главного героя этой Великой осады. Флот Ордена немало способствовал знаменитой победе западных христиан в Кипрской войне 1570-73 гг. и, в особенности, в знаменитом морском сражении при Лепанто в 1571 г., отведшем турецкую угрозу от "мягкого подбрюшья Европы".
К тому времени турки захватили большую часть Венгрии, и турецкий флот непосредственно угрожал Италии. В 1570 г. турецкий султан Селим I развязал войну с целью захвата острова Кипр, обеспечения полного господства османского Полумесяца в восточном Средиземноморье и исходного плацдарма для дальнейшей исламской экспансии против Италии и Испании. Выполнению этого замысла турецкого султана способствовало испано-венецианское соперничество. Папе Пию V удалось организовать антитурецкую испано-венецианскую коалицию, т.н. "Священную Лигу", в которую вошли Испания, Венеция, Генуя, папа, Мальтийский Орден и мелкие итальянские княжества. Командовал союзным флотом дон Хуан Австрийский, кавалер ордена Золотого Руна и побочный сын Карла V - владыки Священной Римской Империи.
7 октября 1571 г. у мыса Скрофа при входе в Патрасский залив Ионического моря произошел морской бой, вошедший в историю под названием Лепантского сражения (Лепанто находится в 60 км от мыса Скрофа). Прибыв на остров Корфу, дон Хуан получил сведения о том, что турецкий флот ушел в Лепанто. Он принял решение блокировать магометан в Патрасском заливе, куда и повел свои силы. Турецким флотом командовал Муэдзин-Заде-Али-паша. Али получил от султана повеление атаковать флот христиан. Выполняя приказ султана, он двинул мусульманский флот из залива в открытое море. В его составе были эскадры султана Александрии Мехмета-Сирокко и алжирского бея Улуг-Али. Турецкий адмирал считал, что христиане стоят на якоре у острова Кефалония, а дон Хуан считал, что турки стоят в Лепанто. Поэтому встреча двух гигантских армад у мыса Скрофа произошла неожиданно для обоих противников.
Берег между Петала и Калидоном низменный, а потому разведчики дона Хуана смогли увидеть парусный турецкий флот раньше, чем турки заметили христиан, шедших под веслами. Вообще же в бою при Лепанто паруса применялись лишь при подходе к району развертывания флотов. Затем они убирались, и дальнейшие действия происходили в соответствии с требованиями тактики гребного флота.
