На вооружении у кораблей находилась сильная артиллерия и большое количество стрелков из аркебуз (фитильных ружей). Для наиболее полного использования огнестрельного оружия дон Хуан внес поправки в конструкцию кораблей, приказав срезать на галерах носы. Однако артиллерия стала лишь средством завязки боя, а основным приемом борьбы являлся абордаж. Медленность заряжания орудий и небольшая точность артиллерийского огня исключали длительную артиллерийскую дуэль, зато позволяли сойтись на абордаж и таран, как в древние времена. Части боевого порядка турок не взаимодействовали или же опаздывали с осуществлением взаимодействия. Поэтому магометанский флот уничтожался по частям. Отдельные военачальники союзников по собственной инициативе и своевременно шли на выручку соседей и маневрировали лучше мусульман. Назревало окружение судов Улуг-Али, который плену предпочел бегство с 13 кораблями. Удалось вырваться из окружения и бежать еще 35 турецким судам. В ходе боя союзники потопили 20 мусульманских галер. Еще 200 кораблей противника оказались трофеями христиан. В результате поражения турок было освобождено 12 000 христианских гребцов-невольников. Союзники потеряли убитыми свыше 7 000 человек, не считая убитых гребцов, которых только на мальтийских галерах насчитали около 2,5 тыс. человек.
В 1607 г. Император Рудольф II Габсбург пожаловал Великому Магистру титул князя «Священной Римской Империи германской нации», который был подтвержден в 1620 г. Императором Фердинандом II. С этого времени звание Великого Магистра Ордена Святого Иоанна было (как и у Верховного Магистра Тевтонского Ордена) неразрывно связано с титулом князя «Священной Римской Империи», а в 1630 г. — со статусом, соответствующим рангу Кардинала Святой Римской Церкви с титулом “Eminenza” (“Высокопреосвященство”, хотя некоторые историки переводят его и как “Преимущество”, или “Преимущественнейшая Светлость”).
Орден Святого Иоанна превратился в независимую державу, располагавшую 10 000 рыцарей по всей Европе. Военно-морская академия на Мальте считалась лучшей в мире. Сыновья многих правителей проходили там курс обучения. Европейские монархи получали оттуда своих капитанов и адмиралов. Так, по просьбе Императрицы Екатерины II российский военный флот был реорганизован именно мальтийскими рыцарями.
Орден учреждал публичные школы и построил знаменитый Мальтийский коллегиум, который затем получил статус университета. Госпитальеры построили также публичную библиотеку, которая была одной из крупнейших в Европе той поры.
Рыцарский Орден поощрял занятия искусством, музыкой, наукой. Как и на Родосе, Орден основал на Мальте наиболее современные для того времени госпитали, выступив первопроходцем в деле лечения душевнобольных, изучения анатомии и в изоляции инфекционных больных. По традиции пациенты госпитальеров получали намного лучшую пищу, чем обслуживающие их хозяева. Пища и питье им подавались в серебряной посуде. Только если член Ордена сам заболевал или ослабевал телесно, Магистр разрешал ему получать ту же пищу, что и пациенты в госпиталях.
Юридическое положение Ордена, как члена международно-правового сообщества, было признано всеми без исключения государствами Западной Европы. Именно в этом качестве субъекта международного права Орден Святого Иоанна был представлен на Вестфальском мирном Конгрессе в 1643 — 1648 гг., завершившим Тридцатилетнюю войну, на Нюрнбергских переговорах суверенов - участников мирного договора - об условиях его выполнения и на переговорах между сословиями «Священной Римской Империи». Орден Святого Иоанна принимал участие в заключении Ниймегенского (1678 г. г.) и Утрехтского (1713 г.) мирных договоров и в заключении международно-правовых соглашений Речи Посполитой (Польско-Литовского феодального государства) с Российской Империей в 1774 — 1776 гг. и 1797 г.
Мальтийский Орден был представлен постоянными посольствами при крупнейших европейских дворах, например в 1747 г. в Риме, Париже, Мадриде и Вене, и поверенными в делах при дворах меньшей значимости.
Многие французские армейские и морские офицеры, сражавшиеся за независимость североамериканских колоний от британской короны, были мальтийскими рыцарями, как например, бальи Пьер-Андре де Сюффрен де Сен-Тропес, рыцарь Большого Креста Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, командор флота Ордена, вице-адмирал Франции, посол Мальтийского Ордена при дворе французского короля и член наследственного Ордена рыцарей Цинцинната, основанного Джорджем Вашингтоном и его офицерами.
В Старом Свете более двух столетий корабли рыцарей Ордена крейсировали в Средиземноморье в качестве морских конвоев для защиты от турецких пиратов. Орден построил множество госпиталей для больных и неустанно занимался благотворительностью, помогая слабым и бедным. Мальтийские рыцари доблестно сражались в войсках «Священной Римской Империи» против турок в 1775, 1782 и 1783 гг.
