Как ни жаль было расставаться М. А. Храпко с Ленинградом, обязательства требовали своего исполнения, впереди его ожидала работа в Челябинске. Свой первый день в городе Храпко описывает так: «Поздно вечером 28 апреля 1930 г. поезд прибыл в г. Челябинск. Было очень тепло и темно. Не буду описывать всех скитаний по темным улицам Челябинска, как расспрашивал случайных прохожих, которые сперва шарахались от меня в сторону, а затем, успокоившись, посылали меня, то в одном направлении, то в другом. Наконец я добрался до общежития ЧТС на ул. Цвиллинга, дом № 5 или 7. Это был большой двухэтажный дом, в котором раньше помещалась богадельня…» После долгих хлопот и переговоров его заселили в это общежитие: «Я был почти нормально устроен по условиям тех времен — имел крышу над головой (в комнате на 34 человека), технический справочник Хютте, но у меня еще не было примуса для того, чтобы считаться вполне устроенным молодым инженером-специалистом на ЧТС», — вспоминал он впоследствии.
В Челябинске Михаил Алексеевич работает инженером сборочной группы опытного завода, затем начальником отделения механосборочного цеха основного завода. Под его руководством в 1932 г. был собран первый, опытный, образец трактора С-60, а во время торжественного выхода первых тракторов с территории завода 15 мая 1933 г., за управлением головного трактора находился Михаил Алексеевич вместе с М. Я. Макагоном. Эти снимки обошли многие периодические издания и попали на страницы учебников. Вот только после 1937 г. на некоторых снимках М. Я. Макагон оказался без своего спутника — фотографию Храпко было приказано «вымарать». Но это будет позже.
В феврале 1936 г. М. А. Храпко в составе группы инженеров-специалистов завода был направлен почти на год в командировку в США, в которой Михаил Алексеевич изучал опыт работы заводов «Катерпиллер», «Форд» и других предприятий.
По возвращении из заграничной командировки, в январе 1937 г., М. А. Храпко получил сначала должность начальника цеха наладки, а затем начальника цеха топливной аппаратуры. А далее наступила черная полоса в жизни Михаила Алексеевича. 28 сентября 1937 г. он внезапно был уволен «за связь с врагами». Накануне в ночь с 27 на 28 сентября, перед рассветом, был арестован в своей квартире и бесследно исчез для товарищей по работе, для родных и близких Элиазар Ильич Гуревич, главный инженер по реконструкции завода и представленный к награждению орденом Ленина. 6 ноября того же года был арестован и М. А. Храпко. Подобная участь постигла не единицы или десятки, а сотни рабочих и инженерно-технических работников ЧТЗ. По нашим подсчетам, выполненным на основе электронной Книги Памяти жертв политических репрессий Челябинской области, это более 80 представителей руководящего состава завода, более 100 специалистов среднего звена и даже около 200 представителей рабочих специальностей. Всего 398 арестованных работников ЧТЗ, из которых 162 были приговорены к высшей мере наказания.
После «следствия», длившегося 2,5 года, Храпко был приговорен к 10 годам лишения свободы. Но еще раньше, «после третьего тура следствия», не огласив судебного решения, в августе 1938 г. Михаила Алексеевича и еще семь арестованных инженеров ЧТЗ собрали в одной камере с вещами, отвезли на вокзал, посадили в «столыпинский вагон» и повезли в неизвестном направлении. Начинался новый этап жизни — работа в конструкторском бюро тюремного типа, зовущемся в народе «шарашками», в Тушинской шарашке, в Казани, в Ленинграде под руководством А. Д. Чаромского, В. П. Глушко и других выдающихся конструкторов.
После окончания срока в 1947 г. М. А. Храпко выдали паспорт, и он продолжил работу руководителем технологической группы в ОКБ-30 в качестве вольнонаемного сотрудника с временной пропиской в Ленинграде. 28 декабря 1948 г. прописку не продлили, М. А. Храпко вынудили уволиться, а также в 24 часа покинуть город на Неве. В ту же ночь он был повторно арестован. После нескольких месяцев тюремного пребывания, в конце апреля 1949 г. Храпко зачитали приговор, который определял пожизненную ссылку на поселение. Затем последовал путь: Ленинград — Вологда — Красноярск — Игарка. Все изменилось после 5 марта 1953 г. Сестра М. А. Храпко и он сам написали прошения о пересмотре дела. В апреле 1955 г. пришел долгожданный ответ об отмене приговора и Михаил Алексеевич выехал в Москву для получения всех документов о реабилитации. Предложений о дальнейшей работе оказалось много — Челябинск, Москва, Одесса, Ленинград. Конечно же, не сомневаясь, он выбрал город, который очаровал его в далеком 1925 г. — это был Ленинград.
В сентябре 1955 г., Михаил Алексеевич стал сотрудником Всесоюзного института транспортного машиностроения (ВНИИТМ). В нем Храпко проработал инженером-конструктором, потом ведущим инженером, начальником конструкторского бюро отдела всю оставшуюся жизнь.
