После заключения перемирия Югославия была разделена между итальянцами, болгарами и немцами. Кроме того, была создана так называемая независимая Хорватия. Она находилась в руках правых экстремистов-усташей, возглавляемых Анте Павеличем, которые установили в отношении сербов настоящий апартеидный режим, истребляя их вместе с евреями и цыганами. Они начали также уничтожать оппозицию, что подтолкнуло многих хорватов присоединиться к Сопротивлению.
После капитуляции югославской армии 18 апреля, первыми, кто ушел в маки, стали роялистские офицеры, возглавляемые полковником Дража Михайловичем, которого вскоре королевское правительство в изгнании в Лондоне назначило главнокомандующим югославского Сопротивления, а затем и военным министром. Михайлович создал в Сербии армию «четников», состоявшую преимущественно из сербов. Лишь после нападения на СССР 22 июня 1941 года югославские коммунисты решили, что пришло время начинать национально-освободительную войну и «освободить страну от фашистского ига, тогда как время социалистической революции еще не настало». Однако, если Москва намеревалась как можно дольше не мешать королевскому правительству и не пугать своих английских союзников, то Тито почувствовал себя достаточно сильным, чтобы начать собственную игру, отказываясь подчиниться легальному правительству в изгнании. Будучи сам хорватом, он не установил никаких этнических ограничений для набора в свои партизанские отряды; в 1942 году они были дислоцированы в Боснии. Оба соперничающих движения, которые преследовали противоположные цели, схлестнулись. Перед лицом притязаний коммунистов Михайлович решил не мешать немцам и даже вступил в союз с итальянцами. Ситуация вконец запуталась: образовалась взрывоопасная смесь из освободительной и гражданской войн, политических оппозиций и обострившейся во время оккупации этнической вражды. Обе стороны устроили междоусобную бойню, стремясь избавиться от своих непосредственных противников и навязать свою власть населению.
Историки полагают, что в целом было убито чуть больше миллиона человек (общая численность населения превышала шестнадцать миллионов). Расправы, расстрелы заключенных, убийства раненых, всевозможные репрессии сменяли друг друга, тем более что балканская политическая культура всегда была отмечена столкновениями между разными кланами. Тем не менее была разница между резней, которой занимались «четники», и той бойней, которую устраивали коммунисты: «четники», практически не подчинявшиеся централизованной власти (многие банды ускользали из-под контроля Михайловича), расправлялись с населением больше по этническим соображениям, чем по политическим. Коммунисты же убивали по причинам, имеющим строго военный и политический характер. Милован Джилас, один из соратников Тито, оставил много времени спустя следующее свидетельство: «Мы были уязвлены тем, как крестьяне объясняли свое решение присоединиться к «четникам». По их словам, они боялись, что их дома сожгут, а сами они подвергнутся репрессиям. Этот вопрос был затронут на одном из собраний с Тито, и был выдвинут следующий аргумент: если мы дадим понять крестьянам, что в случае их союза с захватчиком (обратим внимание на этот тонкий переход от «четников» — участников югославского роялистского сопротивления — к «захватчикам» — замечание авторов), мы тоже будем жечь их дома, то они передумают. (…) В конце концов Тито, несмотря на свои колебания, высказался категорически: «Хорошо, решено, время от времени мы можем поджигать дом или деревню. Позднее он публично отдавал подобные приказы, которые казались тем более решительными, что были сформулированы ясно и четко».
После того как Италия капитулировала в сентябре 1943 года, Черчилль решил оказывать союзническую помощь Тито, а не Михайловичу, а сам Тито в декабре 1943 года создал Антифашистское Вече народного освобождения Югославии (АВНОЮ) — таким образом коммунисты получили явное политическое преимущество перед своими противниками. В конце 1944 — начале 1945 года партизаны-коммунисты готовились подчинить себе всю Югославию. Когда стала близиться капитуляция Германии, Павелич вместе со своей армией, чиновниками и их семьями (в общей сложности несколько десятков тысяч человек) направился к австрийской границе. В Блейбурге к ним присоединились словенская Белая гвардия и черногорские «четники», где все они сдались английским войскам, которые передали их Тито.
