Капитуляция Италии 8 сентября сразу же изменила ситуацию. Началась братоубийственная война. Немцы предприняли яростное наступление на силы ЭДЭС, которые начали отступать и столкнулись с крупными батальонами солдат ЭЛАС, стремившимися их уничтожить. Решение избавиться от ЭДЭС было принято руководством КПГ, которое намеревалось таким образом воспользоваться сложившейся ситуацией и увереннее противостоять английской политике. После боев, продлившихся четверо суток, партизанам под командованием Зерваса удалось прорвать окружение.
Эта гражданская война внутри национально-освободительной войны предоставляла немцам прекрасную возможность маневра — их войска нападали то на одну организацию Сопротивления, то на другую. Союзники предприняли меры по прекращению этой гражданской войны. Бои между ЭЛАС и ЭДЭС были прекращены в феврале 1944 года, и в Плаке было подписано мирное соглашение. Но оно оказалось недолговечным. Через несколько недель после его подписания ЭЛАС напала на ЭККА и полковника Псарроса. Бои длились пять дней, по истечении которых ЭЛАС одержала победу и взяла в плен Псарроса. Его офицеров расстреляли, ему самому отрубили голову.
Действия коммунистов привели к деморализации участников Сопротивления и подорвали авторитет ЭАМ. В некоторых областях ненависть к ней была так сильна, что иные партизаны вступали в немецкие батальоны, созданные для наведения порядка. Эта гражданская война завершилась лишь после того, как ЭЛАС согласилась сотрудничать с греческим правительством в изгнании в Каире. В сентябре 1944 года шесть представителей ЭАМ и ЭЛАС вошли в правительство национального единства, возглавляемое Георгиосом Папандреу. 2 сентября, когда немцы начали эвакуировать население Греции, ЭЛАС бросила войска на завоевание Пелопоннеса, который вследствие деятельности батальонов охраны порядка ускользал из-под его контроля. Завоеванные города и поселки были «наказаны». В Мелигале были убиты тысяча четыреста мужчин, женщин и детей. Казнили также примерно пятьдесят офицеров и унтер-офицеров батальонов охраны порядка.
Ничто, казалось, не препятствовало безраздельной власти ЭАМ — ЭЛАС. Однако Афины, освобожденные 12 октября, после высадки в Пирее британских войск, вырвались из-под их контроля. Руководство КПГ колебалось, применять ли ему силу. Маловероятно, что оно намеревалось вести игру внутри коалиционного правительства. КПГ отказывалась демобилизовать ЭЛАС, как настаивало правительство, а в это время Яннис Зегвос, коммунист, министр сельского хозяйства, стал требовать роспуска подразделений, подчинявшихся приказам правительства. 4 декабря патрули из солдат ЭЛАС вошли в Афины, где столкнулись с правительственными силами. На следующий день ЭЛАС, собравшая в Афинах двадцать тысяч человек, взяла под свой контроль почти всю столицу. Но британцы, надеясь на подкрепление, продолжали сопротивляться. 18 декабря ЭЛАС напала также на ЭДЭС в Эпире. Одновременно с военными действиями коммунисты начали кровавую «чистку», направленную против монархистов.
Тем не менее их наступление не увенчалось успехом. Во время конференции в Варкизе они были вынуждены подписать соглашение о разоружении ЭЛАС. В действительности же, много оружия и боеприпасов было тщательно спрятано. Арис Велухиотис, один из главных лидеров ЭЛАС, отказался следовать заключенному в Варкизе соглашению и с группой около ста человек ушел в маки, затем перешел в Албанию, надеясь оттуда вновь развернуть вооруженную борьбу. Когда Велухиотису задали вопрос о причинах поражения ЭАМ — ЭЛАС, он откровенно ответил: «Дело в том, что мы недостаточно убивали. Англичане были заинтересованы в этом перекрестке, который называется Греция. Если бы мы расправились со всеми друзьями англичан, никуда бы они не высадились. Но люди мне говорили: убийца, — вот до чего они нас довели.(…) Революции одерживают победу, когда реки становятся красными от крови. Проливать ее — не напрасный труд, если наградой становится более совершенное человеческое общество». Основатель ЭЛАС Арис Велухиотис погиб в бою в июне 1945 года в Фессалии, через несколько дней после того, как его исключили из КПГ. После поражения ЭАМ— ЭЛАС вся ненависть, накопленная против коммунистов и их союзников, выплеснулась наружу. Военизированные группы убили большое количество коммунистических деятелей; многих захватили в плен; руководителей партии высылали на острова.
