При этом систематически нарушались международные конвенции. В ходе бомбардировок советской авиацией сельских районов Афганистана интенсивно применялись напалм и фосфорные зажигательные бомбы. Против гражданского населения также регулярно использовались различные типы токсичных газов. Существуют многочисленные свидетельства о распылении с воздуха в ходе бомбардировок отравляющих веществ возбуждающего и удушающего действия, а также слезоточивых газов. 1 декабря 1982 года было отмечено применение против афганских повстанцев отравляющих веществ нервно-паралитического действия, однако число жертв осталось неизвестно. В 1982 году Государственный департамент США отметил применение биологического оружия — микотоксина. Журнал «Les Nouvelles d'Afghanistan» в декабре 1986 года сообщал: «Этим летом, судя по всему, советские войска применили в Кандагаре химическое оружие, а согласно журналу «Le Point» от 6 октября 1986 года, использование смертоносных химических веществ отмечалось также в Лагмане». Одновременно советские войска отравляли токсичными веществами источники питьевой воды, что вызывало гибель людей и домашнего скота. Советское командование приказывало подвергать бомбардировкам селения, где укрывались дезертиры, дабы афганцам неповадно было предоставлять им убежище. То же самое командование направляло афганских солдат разминировать территории и на аванпосты. В конце 1988 года, чтобы «зачистить» основные направления и таким образом подготовить себе пути к отступлению, Советская армия использовала ракеты типа «Скад» и «Ураган». В 1989 году советские войска вновь ступили на путь, опробованный десятью годами раньше, взяв под контроль дороги, дабы застраховаться от атак повстанцев. Накануне окончательного свертывания военных действий советские войска прибегли к новой стратегии: уничтожению беженцев. «Международная амнистия» отмечала, что «группы мужчин, женщин и детей, бежавших из своих деревень, подвергались интенсивным бомбардировкам со стороны советских и афганских вооруженных сил — это были карательные меры за атаки партизан. Среди упомянутых случаев приводится следующий: группа из сотни семей селения Шерхудо в провинции Фарьяб на северо-западе страны дважды подвергалась атакам на протяжении пятисоткилометрового пути к границе с Пакистаном, где беженцы надеялись найти убежище. Во время первой атаки в октябре 1987 года они, судя по всему, были окружены правительственными войсками, в результате чего были убиты девятнадцать человек, в том числе семеро детей младше шести лет. Две недели спустя с вертолетов был открыт огонь по той же самой группе беженцев, жертвами атаки стали еще пятеро мужчин». Несколько раз подвергались бомбардировкам и селения беженцев на территории Пакистана, которые могли служить тыловыми базами повстанцев; 27 февраля 1987 года целью такой бомбардировки стал расположенный в Пакистане лагерь Матазангар.
Наблюдатели констатировали и массированное использование противопехотных мин. Было размещено 20 миллионов мин, главным образом вокруг зон безопасности. Эти мины служили для защиты советских войск и промышленных объектов, которые поставляли продукцию в Советский Союз. Кроме того, их сбрасывали с вертолетов в сельскохозяйственные районы, чтобы помешать возделыванию плодородных земель. В результате взрывов противопехотных мин были искалечены не менее 700 тысяч человек, жертвы продолжают множиться и по сей день. Стараясь терроризировать гражданское население, советские войска избирали мишенью детей, преподнося им «подарки» — начиненные смертоносной взрывчаткой игрушки, которые чаще всего сбрасывались с самолетов. Описывая систематическое уничтожение селений, Шах Базгар в заключение отмечает: «Советские войска с остервенением набрасывались на каждое жилище, грабя, насилуя женщин. Такое варварство было не просто продиктовано животными инстинктами, судя по всему, эти акции планировались специально: захватчики знали, что, совершая подобные злодеяния, они подрывают основы нашего общества».
Стратегия «выжженной земли» и тотальной войны сопровождалась также и систематическим разрушением культурного наследия Афганистана. Так, Кабул прежде слыл городом космополитическим, где «царил особый кабульский дух — обстановка жизнелюбия, доброжелательности и граничащей с вольнодумством терпимости, которые свидетельствовали о свободе нравов и тем отличались от сурового уклада провинции». Эти характерные для города культурные традиции исчезли в результате войны и советской оккупации. А город Герат превратился в город-мученик вследствие многократных советских бомбардировок, проводившихся в качестве карательных мер за всеобщее восстание, охватившее запад страны с марта 1979 года. Был нанесен серьезный ущерб таким историческим памятникам этого города, как Соборная мечеть XII века и возведенный в XVI веке Старый город, а восстановлению их препятствовала советская оккупация.
