Несмотря на политический террор, который свирепствовал в Кабуле с момента коммунистического переворота, возрастало число повстанческих группировок, и бомбы то и дело точно попадали в места пребывания руководящих коммунистических функционеров. Множились массовые манифестации. Так, 27 апреля 1980 года студенты объявили недельную забастовку, желая таким образом на свой манер отметить годовщину государственного переворота. В ходе этой манифестации, по некоторым оценкам, были убиты шестьдесят студентов, среди них шесть девушек. Забастовка продлилась целый месяц. В результате в тюрьме оказалось множество студентов и студенток, некоторые из них подвергались пыткам. «Самыми удачливыми были те, кого временно или окончательно исключили из учебных заведений». К людям, не принадлежащим к коммунистической партии, применялся запрет на профессии. Еще более суровые репрессии коснулись преподавателей и учащихся. «Желая нагнать побольше страха на учащихся средних учебных заведений, палачи отводили их в камеры ужаса, где пытали повстанцев; Фарида Ахмади видела в камере ужаса КХАД отрубленные и разбросанные по полу человеческие конечности. (…) Выборочно жертв из студенческой среды иногда выпускали на свободу, чтобы они сеяли ужас среди товарищей и своими рассказами предостерегали тех от новых выступлений».
Осенью 1983 года «Международная амнистия» опубликовала документ, где содержался призыв к освобождению некоторых заключенных. Профессор Хасан Каххар, декан исторического факультета, специалист по афганской истории, который преподавал в Бостонском и Гарвардском университетах, был арестован за то, что оказывал поддержку членам фракции «Парчам» (хоть и не состоял членом НДПА) и давал у себя приют многим нуждающимся в нем людям. Суд над ним шел при закрытых дверях, без адвоката. Он был осужден за контрреволюционные преступления и приговорен к восьми годам лишения свободы. Двое его коллег, тоже профессора, были осуждены на десять и восемь лет тюремного заключения. Единственный афганский физик-атомщик Мухаммед Юнис Акбари был в 1983 году отстранен от работы, арестован и лишен свободы без предъявления обвинения; до этого он уже дважды сидел за решеткой — в 1981 и в 1983 годах, после чего в 1984 году был приговорен к смертной казни. Приговор был приведен в исполнение в 1990 году. Представителей интеллигенции, которые принимали участие в деятельности групп, пытавшихся найти пути к восстановлению мира в стране, также сажали в тюрьмы. Всякого, кто мог представлять хоть малейшую угрозу режиму, методично устраняли.
Любая достоверная информация держалась под строжайшим контролем. Иностранцы, не получившие аккредитации режима, объявлялись persona поп grata; та же участь неотвратимо постигала врачей и журналистов. С момента ареста советские представители препровождали их в центральную тюрьму, где подвергали допросу. Физических пыток к ним не применяли, ведь гуманитарные общества были в курсе, что они находились на территории Афганистана, и незамедлительно требовали их освобождения. И все же, несмотря на гуманитарный характер их присутствия на территории страны, в ходе фальсифицированных, ловко инсценированных судебных процессов их все-таки вынуждали делать ложные признания в шпионской деятельности в пользу иностранных государств и участии в вооруженных выступлениях мятежников.
Поскольку иностранцы были неудобными свидетелями, их не пытали и не убивали. Любого же попавшего под подозрение афганца, напротив, методично и неотвратимо арестовывали, подвергали пыткам, а потом, как правило, убивали. Так, сторонники созданной в 1966 году пуштунской социал-демократической партии (Афган Мелат) были арестованы 18 мая 1983 года, хотя в то время ее члены не оказывали никакой поддержки афганским повстанцам. «Международная амнистия» опубликовала список (дополненный впоследствии новыми именами) из восемнадцати подвергнутых аресту сторонников партии, которые якобы выступили с «публичными признаниями». В период между 8 июня 1980 года и 22 апреля 1982 года правительство официально объявило о более чем пятидесяти смертных приговорах за контрреволюционную деятельность, в 1984 году — о семидесяти семи приговорах, в 1985 — о сорока.
19 апреля 1992 года была захвачена тюрьма Поли-Чарки и освобождены 4 тысячи заключенных. А в мае 1992 года вблизи нее обнаружили место массового захоронения, где были погребены 12 тысяч трупов. Летом 1986 года Шах Базгар провел опрос, в котором участвовали 52 тысячи узников тюрем Кабула и 13 тысяч побывавших в местах заключения Джелалабада. По подсчетам специалистов общее число узников тюрем превысило 100 тысяч человек.
