Вслед за высылкой немцев началась вторая волна депортаций, проходившая с ноября 1943 по июнь 1944 года. Шесть народов (чеченцы, ингуши, крымские татары, карачаевцы, балкарцы и калмыки) были высланы в Сибирь, Казахстан, Узбекистан, Киргизию под предлогом их «коллективного сотрудничества с немецкими оккупантами». За этой главной волной депортаций, коснувшейся 900 000 человек, последовали, с июля по декабрь 1944 года, другие, призванные «очистить» Крым и Кавказ от прочих «сомнительных» национальностей: греков, болгар, крымских армян, турок-месхетинцев, курдов и хемшинов.
Недавно ставшие доступными архивы и документы не вносят ничего нового в вопрос о якобы имевшем место «сотрудничестве» горских народов Кавказа, калмыков и крымских татар с немецкими нацистами. Поэтому приходится говорить лишь о том, что в Крыму, Калмыкии, Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии, по-видимому, существовали небольшие очаги сотрудничества с немцами, но это сотрудничество не было массовым и не носило политического характера. Наиболее противоречивые свидетельства о фактах коллаборационизма относятся к периоду после сдачи Красной Армией Ростова-на-Дону в июле 1942 года и к периоду оккупации немцами Кавказа летом 1942 — весной 1943 годов. Так, например, в период безвластия после эвакуации советских органов управления и перед приходом нацистов некоторые авторитетные представители местного населения создали что-то вроде национальных комитетов в Микоян-Шахаре — столице Карачаево-Черкесии, в Нальчике — столице Кабардино-Балкарии, и в Элисте — столице Калмыкии. Немецкая армия признала власть этих местных национальных комитетов, пользовавшихся в течение нескольких месяцев правом на религиозную, политическую и экономическую автономию. Опыт национальных комитетов на Кавказе укрепил в Берлине «мусульманский миф», и крымским татарам было разрешено создать в Симферополе Центральный комитет мусульман.
Однако из-за опасности возрождения «пантюркистского движения», уже разгромленного советской властью в начале 20-х годов, немецкие власти запретили крымским татарам автономию, подобную той, которой в течение нескольких месяцев пользовались калмыки, карачаевцы и балкарцы. В ответ на предоставление им подобия самоуправления местные власти создали войска для борьбы с партизанами, т. е. с теми, кто оставался верным советскому режиму. В целом несколько тысяч человек составили весьма ограниченные войска: шесть батальонов крымских татар и корпус калмыцкой кавалерии.
Что касается автономной республики Чечено-Ингушетии, она была лишь частично занята нацистскими войсками всего два с половиной месяца: с начала сентября до середины ноября 1942 года. О сотрудничестве с врагом здесь не могло быть и речи. Но верно и то, что чеченцы, сопротивлявшиеся русской колонизации, пока не капитулировали в 1859 году, оставались народом непокоренным. Советская власть уже направляла туда карательные экспедиции для конфискации оружия у населения в 1925 году, потом в 1930–1932 годах подавляла сопротивление чеченцев и ингушей коллективизации. В марте — апреле 1930 года, затем в апреле — мае 1932 года при борьбе с «бандитизмом» специальные войска ОГПУ использовали артиллерию и авиацию. Тяжелый и спорный вопрос лег в основу конфликта между центральной властью и независимым народом, отказывающимся от опеки Москвы.
В период между ноябрем 1943 и маем 1944 года, в соответствии с решением о быстро проводимых операциях, весьма отличающихся от первых высылок раскулаченных, — операциях, по словам Берии, «повышенной эффективности», были проведены пять больших «чисток-облав». Материально-техническая подготовка была тщательно, в течение нескольких недель, организована под личным наблюдением Берии и его заместителей Ивана Серова и Богдана Кобулова, прибывших на места в своих бронированных вагонах. Нужно было подготовить невиданное число эшелонов: 46 составов по 60 вагонов каждый для высылки 93 139 калмыков за четыре дня с 27 по 30 декабря 1943 года, 194 эшелона по 65 вагонов каждый для высылки в течение шести дней с 23 по 28 февраля 1944 года 521 247 чеченцев и ингушей. Для проведения этих исключительных операций НКВД не щадило средств: для облавы на чеченцев и ингушей было использовано 119 000 человек из специальных войск НКВД, и это в тот момент, когда вовсю шла война!
Операции, расписанные по часам, начались с арестов «потенциально опасных элементов». Их было 1–2 % от всего населения, но население это состояло в основном из женщин, стариков и детей, поскольку большая часть дееспособных мужчин была призвана в армию. Если верить посылаемым в Москву телеграфным сообщениям, операции проходили очень быстро. Так «облава-высылка» крымских татар проходила в период с 18 по 20 мая 1944 года; вечером первого дня ответственные за операцию Кобулов и Серов телеграфировали Берии:
