После победы сандинистов в июле 1979 года Пастора оказывается на посту заместителя министра внутренних дел, в то время как Ортега, что и неудивительно, избран президентом Республики. Ортега открыто равняется на Кубу. В Манагуа стекаются военные советники и кубинские интернационалисты. Пастора, вновь подтверждающий свою преданность парламентской демократии, оказывается в одиночестве. Разочарованный Эден Пастора в июне 1981 года уходит в отставку и организует вооруженное сопротивление на юге страны.
Победившие антисомосовцы тотчас объединились в Руководящий совет (хунту) Правительства национального возрождения, в состав которого вошли представители различных политических сил — социалисты, коммунисты, демократы и умеренные. Здесь разрабатывается программа реконструкции из пятнадцати пунктов, предусматривающая установление демократического режима, основанного на всеобщем избирательном праве и свободе объединений в политические партии. Но пока в руках хунты, где явно преобладают сандинисты, сосредоточилась исполнительная власть.
Хунта признает приоритетность отношений с Кубой, не исключая при этом участия западных стран в национальном возрождении Никарагуа, где убытки, причиненные гражданской войной, оцениваются в 800 миллионов долларов. Тем не менее очень скоро демократов отстраняют от дел. В марте 1980 года уходит в отставку вдова Педро Хоакима Чаморро Виолетта Чаморро — одна из крупнейших фигур антисомосовского движения, вскоре за ней последовал другой лидер, Адольфо Робело. Оба они осуждали господство СФНО в Государственном совете.
В условиях политического кризиса руководимая СФНО хунта приводит в действие тайную полицию. Сандинисты создают собственные вооруженные силы, превращая 6000 повстанцев 1979 года в организованную армию, которая десять лет спустя будет насчитывать 75 000 человек. Обязательная военная служба вводится с 1980 года: мужчины с семнадцати до тридцати пяти лет подлежат мобилизации и попадают под юрисдикцию военных трибуналов, созданных в декабре 1980 года. Любой студент, не прошедший курса военной подготовки, не мог надеяться на получение диплома. Такая армия была воплощением мечты, зародившейся во время эйфории побед, которые одерживались одна за другой по всей Центральной Америке, начиная с Сальвадора. С января 1981 года власти этой страны сообщают о набегах сандинистских боевиков на свою территорию.
Новая власть создает чрезвычайные суды. Декрет № 185 от 5 декабря 1979 года учреждал специальные отделения суда для рассмотрения дел бывших бойцов Национальной гвардии и сторонников Сомосы среди гражданских лиц. Сандинисты собирались судить «сомосовских преступников» подобно тому, как кастровцы судили «батистовских преступников». Заключенные осуждались в соответствии с Уголовным кодексом, действующим на момент совершения правонарушения, в то время как полномочия чрезвычайных судов выходили за пределы обычной юридической системы, и апелляция могла быть подана лишь в апелляционный суд тех же чрезвычайных трибуналов. От таких методов было невозможно защититься — так создавалась особая судебная практика за рамками обычного юридического аппарата. Судебные процессы были полны беззаконий. Так, часто преступления рассматривались без какого бы то ни было конкретного доказательства их совершения. Судьи не принимали во внимание презумпцию невиновности, и обвинения основывались скорее на понятии коллективной ответственности, нежели на доказательстве индивидуальной виновности. Приговоры порой выносились без малейшего фактического подтверждения преступных действий.
