Репрессии подобного масштаба нуждались в соответствующем органе, способном их осуществлять. 15 000 сотрудников Министерства внутренних дел тотчас распределили страну на участки. Функции политической полиции были возложены на специальную службу Direction General de Securidad del Estado (DGSE) — Генеральное управление государственной безопасности. Созданное с помощью кубинских сотрудников GII, DGSE напрямую подчинялось Министерству внутренних дел. В его обязанности входили аресты и допросы политических заключенных, а также проведение пыток, технику которых преподавали кубинские и восточногерманские эксперты. Подразделения регулярной армии часто арестовывали и держали под стражей в военных лагерях в течение нескольких дней подозрительных гражданских лиц из отдаленных сельских районов, после чего отправляли их в DGSE. Допросы велись в централе Чипоте, в военном комплексе «Герман-Помарес» — военной зоне, расположенной у подножия вулкана Лома-де-Тискапа, прямо за отелем «Интерконтиненталь» в Манагуа. Два члена Социал-христианской партии Хосе Родригес и Хуана Бландон подтверждают факты шантажа родственников заключенных, а также использование метода прерывания сна. В арсенале органов госбезопасности имелось множество способов унизить заключенного. Узников запирали в крошечные темные камеры кубической формы, называемые чикитас (малютки). Человек не мог принять сидячего положения, поскольку площадь пола не превышала одного квадратного метра. В камерах была кромешная темнота, полное отсутствие свежего воздуха и какой бы то ни было санитарной техники. Порой узников держали в таких условиях больше недели. Допросы устраивались в любое время дня и ночи. Иногда под дулом пистолета или с инсценировкой скорой казни и угрозами убийства. Некоторых заключенных после ареста лишали пищи и воды. После нескольких дней заточения многие из них были доведены до такого физического изнеможения, что в конце концов подписывали ложные показания, сознаваясь в инкриминированных им преступлениях.
15 марта 1982 года хунта объявляет военное положение, что позволяет закрыть независимые радиостанции, отменить право на собрания, ограничить свободы профсоюзов — эти организации оказались настроенными враждебно, в то время как им отводилась роль прислужников властей, способствующих упрочению режима. Одновременно преследованиям подвергаются религиозные меньшинства — протестанты, моравские братья и свидетели Иеговы. В июне 1982 года, по данным «Международной амнистии», в тюрьмах страны содержались 4000 человек, многие из них — сомосовские гвардейцы, несколько сотен — политические заключенные. Год спустя число заключенных оценивалось в 20 000 человек. Первые итоги, подведенные к концу 1982 года Постоянной комиссией по правам человека, выявляют многочисленные еще более серьезные факты, такие как «исчезновения» арестованных «контрреволюционеров» и убийства «при попытке к бегству».
Параллельно с запуском репрессивной системы режим добивается строжайшей экономической централизации: государство контролирует свыше 50 % средств производства. Все жители вынуждены признать социальную модель, навязанную СФНО. По образу и подобию Кубы молодая сандинистская власть наводняет страну массовыми организациями. В каждом квартале создается свой Комитет защиты сандинизма (CDS), исполняющий ту же функцию, что и кубинские Комитеты защиты революции, — надзор над жителями. Дети, охваченные школьным обучением лучше, чем при Сомосе, также объединены в пионерские организации под названием Камилъитос (Camillitos) — в честь убитого в Масае Камильо Ортеги, брата сандинистского лидера Даниеля Ортеги. Женщины, рабочие и крестьяне вербуются в различные «ассоциации», жестко контролируемые СФНО. Ни одна политическая партия не располагает никакой реальной свободой. Прессу заставляют молчать, журналисты подвергаются беспощадной цензуре. Подобную политику прекрасно охарактеризовал Жиль Батайон: сандинисты претендуют на «всеобъемлющий захват социального и политического пространства».
На атлантическом побережье Никарагуа проживали около 150 000 индейцев: мискито, суму и рама, а также креолы и ладино. Долгое время они пользовались автономией, дававшей им важное преимущество, унаследованное от колониальной эпохи: освобождение от налогов и воинской повинности. Сандинисты не замедлили напасть на эти общины, те в свою очередь решительно поднялись на защиту своей земли и своего языка. В октябре 1979 года был убит глава области Альпромису Листер Атдерс, произошло это через два месяца после его ареста. В начале 1981 года арестованы национальные лидеры Мисурасата — политической организации, объединяющей представителей различных племен. 21 февраля армейские силы, обрушившиеся на учителей грамоты, убили семерых и ранили семнадцать представителей мискито. 23 декабря 1981 года в Леймусе сандинистская армия перебила семьдесят пять шахтеров, требовавших выплаты задержанной зарплаты. На следующий день той же участи удостоились еще тридцать пять шахтеров.
