«Чтобы успешно бороться с нашими врагами, мы должны иметь собственный, социалистический гуманизм. Мы должны завоевать на нашу сторону девяносто из ста миллионов жителей России под Советской властью. Что же касается остальных, нам нечего им сказать. Они должны быть уничтожены».
5 сентября Советское правительство легализовало террор знаменитым Декретом о красном терроре:
«При данной ситуации (…) усиление деятельности ВЧК является прямой необходимостью (…). Необходимо обезопасить Советскую республику от классовых врагов путем изолирования их в лагеря. Подлежат расстрелу все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам. Необходимо опубликовать имена всех расстрелянных, а также основания применения этой меры».
Позднее Дзержинский признавался:
«Законы 3 и 5 сентября наконец-то наделили нас законными правами на то, против чего возражали до сих пор некоторые товарищи по партии, на то, чтобы кончать немедленно, не испрашивая ничьего разрешения, с контрреволюционной сволочью».
В секретном циркуляре от 17 сентября Дзержинский предлагает местным ЧК «ускорить и закончить, т. е. ликвидировать, нерешенные дела». В действительности же «ликвидации» начались 31 августа. 3 сентября «Известия» сообщили, что в предыдущие дни в Петрограде местной ЧК было расстреляно свыше 500 заложников. Из чекистских источников известно, что в течение сентября в Петрограде было расстреляно 800 человек. Эта цифра сильно преуменьшена. Очевидец событий описывает следующие подробности:
«Что касается Петрограда, то, при беглом подсчете, число казней достигает 1300. (…) В своей статистике большевики не учитывают сотен офицеров и гражданских лиц, которые были расстреляны в Кронштадте по приказу местных властей. В одном только Кронштадте за одну ночь было расстреляно 400 человек. Во дворе были вырыты три больших ямы, 400 человек поставлены перед ними и расстреляны один за другим».
В интервью, данном 3 ноября 1918 года газете «Утро Москвы», правая рука Дзержинского Я. Х. Петерс признавал:
«В Петербурге, я бы сказал, истерическому террору прикосновенны больше всего те мягкотелые чекисты, которые были выведены из равновесия и стали чересчур усердствовать.
До убийства Урицкого в Петрограде не было расстрелов — и я должен сказать, что вопреки распространенному мнению я вовсе не так кровожаден, как думают, — а после него слишком много и часто без разбора, тогда как Москва в ответ на покушение на Ленина ответила лишь расстрелом нескольких царских министров».
Тем не менее, как сообщали «Известия», 3 и 4 сентября в Москве было расстреляно только 89 заложников, принадлежащих к «контрреволюционному лагерю». Среди них два бывших министра Николая II — А. Хвостов (министр внутренних дел) и И. Щегловитов (министр юстиции). Однако существуют многочисленные свидетельства того, что в московских тюрьмах во время «сентябрьских убийств» были расстреляны сотни заложников.