Сама по себе эта цифра — от 10 000 до 15 000 казненных за два месяца — говорит о резком изменении масштаба репрессий по сравнению с царским режимом. Напомним, что за время с 1825 по 1917 год число смертных приговоров, вынесенных судами дореволюционной России (включая военные суды) по так называемым «политическим преступлениям» достигло за 92 года цифры 6 360, при максимуме в 1310 приговоренных к смерти в 1906 году, в первый год реакции после революции 1905 года. За два месяца ВЧК казнила в два или три раза больше людей, чем приговорила к смертной казни царская Россия за 92 года, при этом надо учитывать, что в царской России все эти приговоры были вынесены после законной судебной процедуры, и значительная часть из них не была приведена в исполнение, но заменена каторжными работами.
Но это изменение коснулось не только цифр. Появление таких понятий, как «подозрительный», «враг народа», «заложник», «концентрационный лагерь», «революционный трибунал», неслыханная практика таких действий, как «профилактическое заключение», массовые расстрелы сотен и тысяч людей, арестованных без суда и следствия стоящей над законом ВЧК, произвели подлинный переворот в юридической практике и теории.
К такому перевороту оказались не готовы многие из большевистского руководства, об этом свидетельствует полемика, развернувшаяся в октябре — декабре 1918 года вокруг деятельности ВЧК. В отсутствие Дзержинского, посланного под чужой фамилией на месяц в Швейцарию поправить нервы и окрепнуть физически, Центральный Комитет РКП(б) обсудил 25 октября новое положение о ВЧК. Критикуя «полновластие организации, ставящей себя не только выше Советов, но и выше самой партии», Бухарин, партийный ветеран Ольминский и наркомвнудел Петровский требовали принять меры по ограничению «произвола организации, напичканной преступниками, садистами и разложившимися элементами люмпен-пролетариата». Была создана комиссия политконтроля. Вошедший в ее состав Каменев зашел настолько далеко, что предложил попросту упразднить ВЧК.
Однако вскоре лагерь безоговорочных сторонников ВЧК одержал верх. На его стороне выступили такие партийные светила, как Свердлов, Сталин, Троцкий и, конечно, Ленин. Последний решительно встал на защиту организации, «подвергшейся, за некоторые свои действия, несправедливым обвинениям со стороны ограниченной интеллигенции, (…) неспособной взглянуть на вопрос террора в более широкой перспективе». 19 декабря 1918 года по предложению Ленина ЦК партии постановил:
«На страницах партийной и советской печати не может иметь место злостная критика советских учреждений, как это имело место в некоторых статьях о деятельности ВЧК, работы которой протекают в особо тяжелых условиях».
На этом с дебатами было покончено. «Вооруженная рука пролетарской диктатуры» получила «индульгенцию», свидетельство непогрешимости. Как сказал Ленин, «хороший коммунист всегда и хороший чекист».
В начале 1919 года Дзержинский добивается в Центральном Комитете партии создания специального отдела ВЧК, которому поручаются вопросы военной безопасности. 16 марта 1919 года Дзержинский был назначен народным комиссаром внутренних дел, оставаясь председателем ВЧК. Он проводит реорганизацию милиции и вспомогательных войск (железнодорожной милиции, продовольственных отрядов, пограничной стражи, боевых рот ЧК), разделенных до того времени между разными ведомствами. В мае 1919 года все они объединяются в особый корпус — Войска внутренней охраны республики (ВОХР), выросший до 200 000 человек к 1921 году. Этим войскам поручалась охрана концентрационных лагерей, железнодорожных станций и других стратегических пунктов, они осуществляли реквизиции и, разумеется, подавление крестьянских восстаний, вызванных этими реквизициями, рабочих волнений и мятежей в Красной Армии. Специальные части ЧК и Войска внутренней охраны республики — в общем и целом почти 200 000 человек — представляли собой мощный инструмент контроля и подавления; это была поистине армия внутри страдавшей от дезертирства Красной Армии, которая, хотя и считалась теоретически весьма многочисленной (от 3 до 5 миллионов человек), в действительности никогда не могла выставить более 500 тысяч вооруженных солдат.