Попытки Мазепы и запорожцев отделить Украину от Московского государства дали повод русскому правительству относиться с недоверием ко всей стране. Оно старалось постепенно сократить свободу самоуправления Малороссии и слить ее воедино с Великороссией. Уже при гетмане Скоропадском был назначен боярин Измайлов для совещания с ним по делам управления, для поддержания спокойствия в стране и попутно для наблюдения за самим гетманом и всей старшиной. Через год был прислан и другой такой «резидент». Резиденция гетмана была перенесена из Батурина в Глухов, стоящий на московской границе. Здесь был поставлен московский гарнизон, который мог арестовать гетмана и старшину, в случае каких-либо подозрительных поступков с их стороны. Петр старался ввести как можно больше великороссов в число старшины, и к его смерти оставалось уже очень немного старшин — украинцев. Затем, ссылаясь на взяточничество и беспорядочное управление, он организовал при гетмане совет из шести старших гарнизонных офицеров, с бригадиром Вельяминовым во главе. Совет этот назывался малороссийской коллегией. Коллегия должна была наблюдать за гетманской канцелярией и ведать все доходы и расходы страны. Обо всех замеченных беспорядках она должна была доносить в Петербург сенату. Но после смерти Скоропадского Петр решил и совсем упразднить гетманство. На ходатайство старшины о разрешении избрать нового гетмана царь ответил, что с этим торопиться нечего, так как в управлении страной и без гетмана никакого беспорядка не замечается. Великорусские правители держали себя очень высокомерно со старшиной, а коллегия ввела тяжелые подати и налоги, распоряжаясь совершенно произвольно поступающими доходами. Вообще, для Украины снова настали тяжелые времена. Московские войска по-прежнему отягощали ее, а казаков целыми отрядами изгоняли на север рыть каналы или строить крепости в Астраханском краю и на Кавказе. Они гибли там тысячами от тяжелых условий работы и жестокого обращения.
Вступившая на престол после смерти Петра Екатерина I, опасаясь народного волнения и рассчитывая на помощь казаков в новой войне с Турцией, решила облегчить положение Украины. Она хотела даже отменить коллегию и восстановить прежний порядок правления, но ограничилась только отменой некоторых налогов и освобождением заключенных в Петербурге старшин-украинцев. Но в следующее царствование малолетнего внука Петра I, Петра II, правительство решило возвратить Малороссии ее прежние порядки. Из ведомства сената ее перевели снова в ведомство иностранных дел, затем уничтожили коллегию и установленные ею подати. Вельяминов был предан суду за разные злоупотребления, и остальные старшины украинцы были возвращены на родину. И, наконец, летом 1727 года было решено приступить к избранию гетмана. Конечно, гетман был заранее назначен правительством, и избрание было произведено только для виду, но старшина радовался и этому. Новый гетман, миргородский полковник Даниил Апостол, был еще современником Мазепы, одно время сочувствовал его замыслам, но скоро увидал невыполнимость их и отстал. Он был один из немногих честных старшин, не злоупотреблял своей властью, не поощрял взяточничества и вообще не притеснял народа. Выражая всегда свою преданность русскому престолу, он стремился однако к возвращению прежних прав, подтвержденных договором Богдана Хмельницкого. Хотя и не все статьи этого договора, но некоторые ему удалось все-таки восстановить. В то же время он старался упорядочить производство в судах и во всем управлении, старался оградить народ от старшинских злоупотреблений и вывести самоуправство и взяточничество, чтобы не дать повод русскому правительству вмешиваться в украинские дела, под видом искоренения злоупотреблений.
Но насколько коротко было царствование молодого императора, настолько же мимолетна была радость украинских патриотов. Царица Анна Иоанновна, вступившая на престол в 1730 году, воспользовалась болезнью старого гетмана и поручила править Украиной своему резиденту Шаховскому с советом, состоявшим наполовину из малороссов и наполовину из великороссов. Но народ получил облегчение в сложении некоторых налогов и в уменьшении числа великорусских полков, расквартированных по Украине. К сожалению, турецкая война, бывшая в это царствование, почти всей своей тяжестью легла на близкую к Турции Малороссию и окончательно подорвала ее благосостояние.
