В царствование Екатерины II гетманство было упразднено окончательно и навсегда. Екатерина решила это с самого начала, во имя единообразия правления и законодательства во всей Российской империи. Ускорено было это решение слухами о петиции, которую готовили старшины государыне. Они хотели просить ее об оставлении гетманства в роде Разумовского, как особенно преданном Российской империи. Как на пример наследственной передачи гетманского звания указывали на Богдана Хмельницкого, оставившего гетманство сыну. Такое утверждение отдельной власти в Малороссии вовсе не входило в планы русского правительства и императрицы. Екатерина поспешила предложить Разумовскому отказаться от гетманства, щедро вознаградив его при отставке. В 1764 году был издан манифест малороссийскому народу об увольнении гетмана. Для управления страной была снова учреждена малороссийская коллегия, президентом которой и генерал-губернатором Малороссии назначался граф Румянцев. Новая коллегия должна была состоять из восьми членов — четверых великороссов и четверых малороссов. Заседать они должны были вперемежку, по старшинству, а не по разным сторонам, как при императрице Анне. Екатерина более всего хотела утвердить в малороссах мнение, что они ничем от великороссов не отличаются и составляют с ними единый народ. В этом направлении были даны Румянцеву полномочия относительно нововведений, которые должны были окончательно приравнять Малороссию к Великороссии. Между прочим, императрица считала большим недостатком отсутствие закона полного закрепощения крестьян в Малороссии. В Великороссии давно уже все крестьяне были прикреплены к земле своих помещиков, в Малороссии они могли еще облегчать свое положение переходом от одного помещика к другому. Указ императрицы узаконил те крепостные порядки, которые до сих пор старшины вводили самовольно.
Еще через несколько лет были уничтожены и остатки знаменитой когда-то Запорожской Сечи,
Все эти перемены отражались, конечно, почти полностью и на Киеве. Признавая этот город искони русским, правительство и государи, начиная с Петра, старались стереть с него следы влияния иноземного владычества. В 1782 году здесь было утверждено наместничество и был издан указ, разрешающий селиться в городе выходцам из Великой и Малой России. С этих пор хозяйственная часть города поступила в заведывание казенной палаты, полицейская и административная были возложены на киевского губернатора, а военная на коменданта Печерской крепости. Только судопроизводство и внутреннее управление оставлено было в руках городского магистрата на основании старого магдебургского права. Но и этому были подчинены только граждане Подола, жители же Верхнего города, или Старого Киева, всегда находились под непосредственным управлением воевод и губернаторов.