Наконец, со второй половины XVI и все XVII столетие в Ладоге правили воеводы, поставленные от московских царей. Воеводы ведали как государево (ратное) дело, так и земское. Вообще управление их было весьма многосторонне: им подлежали дела иностранные, военные, поместные, судебные, полицейские, финансовые и даже некоторые духовные. В наказе 1671 года, данном при царе Алексее Михайловиче ладожскому воеводе Желтухину, предписывалось: «Приехав в Ладогу, принять городские ключи, наряд (пушки), зелье (порох), разные пушечные и хлебные запасы, письменные дела, денежную казну и списки военно-служилых и прочих людей. По городу держать караулы и сторожи: оберегать, чтобы городу и всяким городовым крепостям и нарядам и зелейной и свинцовой казне ни от кого порухи не было. В управных делах судить по челобитным и сыски всяким сыскивать и по сыску управу делать безволокитно. Пошлины с судных дел имать с рубля по гривне до пересуду и правого десятка по 7 алтын 2 деньги с суда, а спорных судных дел не вершить и отсылать для вершения в Новгород. О всяких государевых делах и о вестях писать в Новгород же, а мимо к Москве не писать, для того что Ладога Новгородский пригород. В Ладоге жить неоплошно и во всем государеву делу искать прибыли. Беречь накрепко, чтобы в Ладоге и на посаде и в слободах и в уезде воровства, корчем, зерни, табаку и всякого непотребства не было, в противном случае воровство унимать, корчемное питье отбирать и сдавать в кабак, а на корчемниках и на питухех имать заповеди и чинить наказанье, отписывая о том в Новгород. Беречь накрепко и учинить заказ всем, чтобы летом в жаркие дни изб и мылен не топили и вечером поздно с огнем не сидели и не ходили, а для печенья хлебов и варки пищи поделать земляные печи в огородах и на удаленных от хором местах. На случай пожара велеть в городе, на анбарах, в рядах и по всем хоромам во дворах держать кади с водою и вениками. Посадским и всяким людям никаких обид и притеснений ради корысти не делать; служилых и посадских и всяких жилецких людей от проезжих, от всяких людей оберегать, чтобы обид и продаж и никаких налог ни от кого не было; проезжих и всяких в Ладоге не задерживать».
Место воеводы считалось почетным и выгодным. Вот как пишет об этой должности известный историк Соловьев: «Бояре, окольничие, думные дворяне и дьяки засели по Приказам; но много еще остается служилых людей не так знатных, которым нет места в Приказах, а
Все едут на верную добычу и получат ее, и всем будет хорошо; только местный житель почесывает затылок, потому что знает, что будут обдирать его, как липку. Конечно, воеводы в Ладоге не были исключением. На притеснения и вымогательства указывает, например, грамота из Приказа Большого Дворца воеводе Неплюеву (1687 г.): «Ныне ты для своей бездельной корысти и многих взятков, того Ивановского монастыря в вотчину посылаешь стрельцов и пушкарей, и крестьян и бобылей волочишь и убыточишь напрасно и от того твоего разорения крестьяне и бобыли бредут врознь». Даже в самых наказах ладожских воевод предупреждают: «Ладожским служилым и посадским и уездным и проезжим всяким людям, для своей корысти обид и иных никаких налог не делать и напрасно на них не наметываться», под угрозой быть за то в великой опале.
В Ладоге, как и во всей Новгородской области, кроме некоторых южных частей, никогда не процветало земледелие. Мшистая, большею частью болотистая почва, всегда была мало плодородна и не могла прокормить население. Кроме того, самое положение Ладоги вблизи реки и озера давало ей в руки другие, более выгодные промыслы. Давали также свою долю добычи и близлежащие обширные леса. Меха пушных зверей, как куниц, бобров, лисиц и соболей, всегда были ценным товаром, также был большой спрос на мед и воск. Звероловство и «бортничество» издавна процветало у всех жителей северных областей. Пчеловодство называлось в прежние времена бортничеством потому, что пользовались обыкновенно медом диких пчел, доставая его из «бортей» — дупел деревьев, естественных или выдолбленных искусственно. Что касается рыбы, то вообще ее водилось в тогдашних реках и озерах множество. Например, в житии св. Антония Римлянина передается, что рыбаки по его совету «ввергоша мрежи своя в Волхов и извлекоша на брег множество великих рыб, едва не проторжеся мрежа». В летописи под 1353 годом значится, что «новгородские людие рыбы руками имаше у брега сколько кому надобе». А в летописи от 1270 года указывается прямо, что Ладога поставляла мед и рыбу для стола княжеского — «а в Ладогу княже слати осетринника и медовара по грамоте отца своего».
