Вопрос об использовании против Советской России подразделений вермахта, состоящих из тюркских народов СССР и Центральной Азии, был поставлен Гитлером еще в 1933 году, сразу же по приходе бывшего ефрейтора к власти. В советской исторической литературе указывалось, что идея проекта создания Туркестанского легиона, как части большого Восточного легиона, принадлежала некому Мустафе Шокаю. Однако сегодня обнаружены другие данные — ему, видному антисоветскому эмигранту, осенью 1941 года лишь предлагалось возглавить Туркестанский легион. Но он отказался и вскоре Скоропостижно скончался. Есть подозрение, что он был отравлен немецкой спецслужбой. Первым руководителем легиона в марте 1942 года был назначен узбек по национальности Вели Каюм.
Источником пополнения Туркестанского легиона, созданного 15 ноября 1941 года при 444-й охранной дивизии, являлись советские военнопленные, а также эмигранты и беженцы, осевшие в европейских странах и Турции. В подразделениях легиона служили казахи, узбеки, туркмены, киргизы, уйгуры, татары и другие народности, исповедующие ислам. Сначала легион назывался «Туркестанским полком», состоявшим из четырех рот.
В зиму 1942 года он обрел название «Туркестанский легион», состоявший уже из батальонов. База формирования батальонов находилась в Польше. Весной 1942 года на советско-германский фронт были отправлены первые два батальона — 450-й и 452-й, за ними еще четыре — с 781-го по 784-й, весной 1943 года — 8 батальонов. Уже к началу 1944 года на фронте действовало 24 туркестанских батальона.
И все же из-за относительной малочисленности личный состав легиона чаще использовался не в ходе активных боевых действий, а был занят во вспомогательных и тыловых военных, в основном — карательных операциях. Задействовали его также в охране стратегических военных объектов. Большинство батальонов было приписано к 6-й армии генерал-полковника Ф. Паулюса.
В мае 1943 года в городе Нойхаммере была сформирована экспериментальная 162-я туркестанская пехотная дивизия, которая воевала в Словении и Италии. Солдатам и офицерам легиона и дивизии германское командование обещало создание Туркестанского государства — Большого Туркестана под протекторатом Германии. Большой Туркестан, в который бы входили помимо Средней Азии и Казахстана еще Башкирия, Поволжье, Азербайджан, Северный Кавказ и Синьцзян.
Руководство вермахта и спецслужб фашистской Германии не оставляло надежд поднять против советской власти восстание в Центральной Азии. Для этой цели активно работала гитлеровская резидентура в Афганистане. Именно из этой страны немцами планировалась операция по прорыву госграницы. В 1943 году фашисты сформировали специальное подразделение под кодовым названием «Алаш». Руководителем его назначили А. Агаева с задачей заброски отряда в Казахстан и проведения там серии враждебных актов. Группа должна была проникнуть на территорию Жилокасинского района Гурьевской области. Кроме того, диверсантам ставилось следующее конкретное задание: установить связи с враждебно настроенными к существующей власти элементами и дезертирами из числа местного населения для организации диверсий как в глубоком тылу Красной Армии, так и в местах расположения эвакуированных заводов, связанных с оборонной промышленностью, для проведения диверсий на нефтепромыслах и железнодорожном транспорте.
Для ведения профашистской агитации и пропаганды в тылу группа располагала 3000 листовок на казахском языке, типографским станком, набором шрифтов, красками, готовыми клише антисоветских карикатур, а для легализации на территории Казахстана имелось 130 чистых бланков и свыше 120 печатей различных государственных учреждений.
Немецкие самолеты дважды выбрасывали диверсантов — 3 и 6 мая 1944 года. Полеты транспортников, на которых летели разведывательно-диверсионные группы, были вовремя замечены средствами ПВО. Об этом военные быстро сориентировали местное управление НКВД, яичный состав которого был задействован в поиске диверсантов. Вскоре пришельцев с неба чекистам удалось обнаружить. Операция завершилась тем, что пять человек из парашютного десанта были уничтожены в ходе боевого столкновения, а девять диверсантов пленены. Оставшийся в живых радист группы до окончания войны работал на военную контрразведку СМЕРШ, передавая немцам ложную информацию. Приятно было отметить, что дезинформация по группе Агаева достигла цели — абвер, а потом и РСХА до последних дней войны считали, что получают от «алашистов» объективную информацию.
О результатах разыскной работы сотрудников военной контрразведки СМЕРШ 3-го Украинского фронта на территории Болгарии и Югославии свидетельствует один документ, фрагменты которого есть смысл привести, чтобы показать масштабы этой деятельности армейских чекистов.
Так, в докладной записке УКР СМЕРШ фронта № 29342/3 от 14 декабря 1944 года в ГУКР СМЕРШ НКО СССР о результатах розыска на упомянутых территориях активных карателей, служивших в Туркестанском легионе, говорилось:
