С такими настроениями власть подошла к июньскому пленуму ЦК ВКП (б), самому загадочному из всех партийных собраний, об котором почти нет никаких подробностей. Нет стенограммы пленума, якобы он не стенографировался, но это ерунда, судя по всему, стенограмму не опубликовали или уничтожили. Если анти сталинская власть скрыла эту стенограмму, значит, в её содержании было то, что оправдало бы все последующие действия Сталина. Никто из выживших участников пленума также воспоминаний о нем не оставил. Перед пленумом, 22 июня Сталин получил записку Ежова с приложением сообщения главы УНКВД Запсибкрая Миронова о необходимости создания тройки. Причина состояла в вскрытии крупной антисоветской организации кадетско-монархического организации РОВСа, к ним примыкали «бывшие» эсеры, ей группу ссыльных князей, дворяне, царские офицеры, их члены были в Новосибирске, Томске, Бийске и Нарыме. Как и другие антисоветские организации, они состояли в связи с иностранными спецслужбами, к моменту получения Сталиным этого донесения, выявили контакты с японской разведкой. Было арестовано 382 человека и еще 1317 человек их пособников.23 Всех их надо было поскорее судить, тюрьмы были переполнены, а новые дела были на подходе. Сталин тянул с ответом до 28 числа.
Пленум шел с 23 по 29 июня и за это время Сталин ни разу не посетил свой рабочий кабинет. Есть версия о том, что возглавлявший административно-политический отдел ЦК ВКП(б) Осип Пятницкий и наркомздрав СССР Г. Каминский выступили там против инициатив Сталина и даже пытались выдвинуть ему политическое недоверие, но этому нет подтверждения.
Из следственных дел известно, что правая заговорщическая организация наметила некоторые перестановки, походу пленума народный комиссар водного транспорта СССР Н. Пахомов и первый секретарь Донецкого обкома Э. Прамнэк обсуждали возможный перевод персека Западного Сибкрайкома Р. Эйхе в союзное правительство, на должность наркома земледелия. Это говорит о том, что перевод Роберта Эйхе было делом, решенным еще тогда, слишком сильно он засиделся в своей Сибири.24 27 июня Сталин получил сообщение о вскрытии фашистской организации союзного масштаба, аресты прошли Ленинграде, Западно-Сибирском крае и на Украине, в общем под следствием оказалось 170 человек, это была лишь верхушка этого айсберга. Организация сотрудничала с германским Гестапо, лидером организации был академик из Украины Николай Игнатьевич Свитальский.25 Он выезжал в Германию и передавал немцам собранную им информацию о промышленной базе УССР, позже он передал через посредника засекреченную схему фарватера Днепра. Организация стремилась вербовать научных сотрудников, зная каким уважением и доверием власти. Были завербованы — заместитель директора института геологии И. Лепикаш, профессор ленинградского горного института Д. Мушкетов (первый руководитель организации) и директор Пулковской обсерватории Б. Герасимович.
28 июня походу пленума Политбюро выпустило постановление по Сибкраю:
29 июня начальник Секретариата НКВД СССР Яков Дейч отошлет местному УНКВД следующее сообщение:
