5 июля «Бигль» отплыл из Капьяпо, пересек тропик Козерога и 12-го достиг перуанского города Икике. Перу было независимым с 1824 года: сплошные хунты и перевороты. 19 июля «Бигль» вошел в Кальяо, порт вблизи столицы — Лимы. Разруха, грязь, «народ развратный и пьяницы». «Анархия; черный флаг. Разбойники:
Фицрой опять, не спросив начальства, сделал покупку — бот «Конститьюшен», и 7 сентября повел экспедицию на северо-запад, к Галапагосским островам. Съемки там проходили с 15 сентября по 20 октября 1835 года, начали с острова Чатем, потом кружили с одного островка на другой. 17 сентября сошли на берег, населенный гигантскими черепахами, они пошли на суп, но пресной воды не было — ее отыскали на острове Чарлза, где была тюрьма для жителей Эквадора (британской колонии). Черепахи там были вроде бы такие же, как на Чатеме, правда, начальник тюрьмы сказал, что любой местный с первого взгляда распознает, какая черепаха с которого острова, но Дарвина это не заинтересовало, он увлекся игрой с ящерицами, не любившими плавать: «Я несколько раз кидал одну из них, стараясь забросить подальше, в глубокую лужу, оставленную отливом, но ящерица неизменно возвращалась прямо к тому месту, где я стоял… Я несколько раз ловил эту же ящерицу, загоняя ее на мыс, и, хотя она умела с совершенством нырять и плавать, ничто не могло заставить ее войти в воду; сколько раз я ни бросал ее в лужу, она неизменно возвращалась описанным манером… исключительно глупое поведение!» На Галапагосах он собрал множество птиц (в том числе 13 разновидностей вьюрков), ящериц и змей, двух черепах приручил — будут жить у него дома.
Распространена легенда, будто Дарвин, увидав галапагосскую фауну, особенно вьюрков, сделал великое открытие. На самом деле он даже не маркировал, какая птичка с какого острова, это сделал Ковингтон. Сам Чарлз продолжал верить в творение каждого вида, о чем свидетельствует рукопись 1835 года «Геологические заметки»: он писал, что животные вымирают, но не делал намека на то, что они могли трансформироваться. У галапагосских вьюрков были толстые клювики, у европейских не такие. Это заметили все, даже Фицрой, записавший: «Все маленькие птицы, которые живут на этих островах, имеют толстые клювы. Это одно из проявлений Высшей Мудрости, благодаря которой каждое сотворенное создание приспособлено к месту, для которого предназначено. При склевывании семян, которые лежат на твердой лаве, превосходство таких клювов по сравнению с более нежными не может, думаю, быть подвергнутым сомнению; впрочем, может быть, имеется и другая цель в том, что они столь сильны». Дарвин с этим не спорил. О вьюрках он записал лишь, что они «приятно щебечут». Он был слишком поглощен геологией.
20 октября взяли курс на Таити. Всю дорогу Чарлз писал «Геологические заметки»: поднятие Южной Америки надо было не просто провозгласить — «мне так кажется» — но обосновать громадой фактов и умозаключений. (А дома — Чарлз этого не знал — Генсло 6 ноября на заседании Кембриджского философского общества зачитал отрывки из его сообщений и издал их брошюрой; Седжвик, выступая в столичном Геологическом обществе, упомянул найденные им кости и сообщил Роберту Дарвину, что его сын станет ученым; Лайель, не знакомый с ним, писал Седжвику, что ждет его: «Надеюсь, Вы не собираетесь монополизировать его в Кембридже?»)
Прибыли 15 ноября, 18-го Чарлз с Ковингтоном начал объезжать остров. Аборигены: «Лица выражают кротость, сразу же прогоняющую мысль о дикарях, и ум, свидетельствующий о том, что они преуспели в цивилизации».
