В инструкциях, которые капитан Коншин тогда получил на встрече с иностранными консультантами, сибирским нелегалам настоятельно рекомендовалось, прежде всего, в корне изменить всю систему руководства своим подпольным движением. Ввиду того что постоянно сомневавшиеся в правильности выбранного ими пути эсеры не могли, по мнению большинства заграничных специалистов по подрывной деятельности, обеспечить полномасштабное стратегическое управление готовившимся мятежом, а также из-за отсутствия у них практического опыта по тактическому планированию предстоящих военных операций, сибирским подпольным структурам было предписано в срочном порядке назначить на руководящие посты во всех относящихся к предстоящему делу нелегальных организациях профессиональных военных, желательно штаб-офицеров[307], оппозиционно настроенных к советской власти и имеющих богатый боевой опыт. Это, во-первых. А во-вторых, сибирским подпольщикам столь же настоятельно рекомендовалось как можно скорее наладить связь с командованием двигавшегося по Транссибирской железнодорожной магистрали в направлении на Владивосток Чехословацкого корпуса с целью совместного вооруженного выступления против большевиков.
С такого рода инструкциями капитан Коншин где-то уже к концу апреля 1918 г. вернулся в Томск, и после чего в центральном военном штабе западносибирских подпольных организаций, а также во всех подконтрольных ему структурах началась перестройка практически всей системы управления согласно вновь утверждённому плану. Так, во главе центрального штаба встал теперь уже хорошо известный нам подполковник А.Н. Гришин-Алмазов. Сам же центральный штаб решили тогда же перенести из удалённого от Транссиба губернского Томска в уездный Новониколаевск, располагавшийся, во-первых, на главном пути железнодорожной магистрали; во-вторых, от Новониколаевска шла отдельная ветка на Барнаул; а в-третьих, этот город находился на берегу реки Обь и контролировал, таким образом вдобавок ко всему прочему ещё и крупнейшую водную артерию Западной Сибири. Ну и, наконец, в-четвёртых (вот сколько преимуществ сразу), на запасных путях железнодорожного вокзала Новониколаевска в вагонах-теплушках была временно расквартирована большая часть военнослужащих 7-го Татранского полка Чехословацкого корпуса. Данные факты в совокупности с новыми инструкциями, привезёнными из Москвы капитаном Коншиным, как раз и повлияли на то, чтобы штаб-квартиру центрального военного руководства Западной Сибири перенести из Томска, всеми признанного центра автономистского движения, в Новониколаевск[308].
Там, в Новониколаевске, на новой штаб-квартире центрального штаба 3 мая состоялось совещание представителей большинства подпольных организаций Западной Сибири, на нём до сведения прибывших делегатов довели все последние изменения, связанные с разработанными и утверждёнными в Москве тактико-стратегическими планами предстоящего общесибирского восстания. Представителям этих организаций по окончании совещания был отдан приказ в ближайшее же время привести подконтрольные им группы в полную боевую готовность и ждать из Новониколаевска сигнала к общему выступлению.
По завершении совещания Алексей Николаевич Гришин-Алмазов вместе со своим помощником по центральному штабу полковником Петром Андреевичем Беловым (настоящая фамилия — Виттенкопф), российским немцем по происхождению, совершили две инспекционные поездки, соответственно — в Омск и Красноярск. В Омске им пришлось в течение пяти дней вести очень трудные переговоры с представителями местного подполья во главе с полковником Ивановым-Риновым, целью которых являлось добиться подчинения омской организации новониколаевскому центральному штабу.
Упорство в данном вопросе Иванова-Ринова, по мнению ряда исследователей, явилось следствием тех обещаний, которые он получил от генерала Флуга в период пребывания последнего в Омске. А именно: пролоббировать в Харбине вопрос о переносе главного штаба по руководству сибирским восстанием в Омск, а в будущем сделать этот город как бы столицей белого движения на востоке страны. Ясно, что такие авансы со стороны руководителя корниловской делегации давали Иванову-Ринову определённые надежды, в том числе и в отношении собственной политической карьеры. Вторая причина, по которой омские подпольщики так неохотно шли на контакт с Гришиным-Алмазовым, заключалась в том, что и сам начальник штаба, и его подчинённые были подконтрольны эсеровскому Временному правительству автономной Сибири, а люди, окружавшие Иванова-Ринова, да и он сам никаких дел с эсерами иметь не хотели. Напротив, они каким-то образом уже напрямую контактировали в то время с правобуржуазными политиками из харбинского Дальневосточного комитета защиты Родины и Учредительного собрания.