Вдобавок ко всему прочему в конце апреля вскрылись реки Амурского бассейна, вследствие чего проезд по железной дороге от Читы до Благовещенска стал на некоторое время просто физически невозможен. Эта часть Транссибирской магистрали и раньше-то могла пропускать не более одного чешского эшелона за двое суток (!), а теперь и вовсе… В условиях природного катаклизма, когда повсюду разлились вышедшие из берегов водные потоки, на две недели как минимум, а то и больше всяческое движение на Благовещенск полностью прекратилось. Оставалась, правда, в качестве запасной ветка КВЖД, по ней можно было доехать до Харбина и оттуда опять же по железной дороге добраться до Владивостока. Но здесь, так же как и на Северном Кавказе, вовсю разворачивалось в то время антибольшевистское повстанческое движение. Таким образом, даже в самом крайнем случае советские власти вряд ли допустили бы чехословаков на территорию белогвардейской уже по сути КВЖД.
И, тем не менее, всё-таки не разливы амурских речных притоков повлияли на суть вновь возникшей проблемы с эвакуацией легионеров. Главная причина состояла в том, что в начале апреля, кода уже началось движение эшелонов в глубь российских восточных территорий, во Владивостоке высадился сравнительно небольшой, но достаточно дерзкий японский десант. Он наделал столько политического шума, что Москва даже начала готовиться к отражению широкомасштабной военной интервенции со стороны Антанты. И в то же самое время, напомним, из Маньчжурии выступил со своим отрядом, значительно усиленным за счёт иностранных союзников, атаман Семёнов. Так что в общем и целом теперь и на востоке России создалась вполне реальная военная угроза, с которой советскому правительству необходимо было считаться в любом случае. А тут ещё и кочующий по просторам Сибири, по-прежнему достаточно хорошо вооружённый иностранный корпус («… и имя ему — легион»). В связи с этим большевики сразу же предприняли ряд неотложных мер для того, чтобы в очередной раз перестраховаться и обезопасить себя от потенциальной чешской угрозы.
То, как менялось в течение апреля отношение к чехокорпусу, можно проследить на примере телеграфных переговоров представителей Совнаркома и комиссара по иностранным делам Центросибири Г. Вейнбаума[386]. Так, в самом начале апреля нарком по делам национальностей И.В. Сталин уведомил сибирских большевиков о том, что в Архангельск пускать чехословаков нельзя, что единственно возможным маршрутом для переброски их корпуса остаётся Дальний Восток. Сибирь, далее телеграфировал Сталин, для такой операции вполне приемлема, и в первую очередь потому, что контрреволюция на её территории «пришиблена».
Но уже 9 апреля, после того как стало известно о японском десанте, а также поступили первые известия о начале наступления Г. Семёнова, позиция наркома по делам национальностей резко меняется, он уже больше не уверен в том, что контрреволюционеры в Сибири пришиблены. «Распоряжение о пропуске чехословацких эшелонов при условии оставления при них минимального количества оружия было дано от имени Совнаркома при иных условиях… Теперь после десанта положение изменилось. Теперь необходимо полное разоружение эшелонов и отпуск их на восток только маленькими частями и с перерывами, ни в коем случае не вместе». А 21 апреля в адрес Центросибири из Москвы пришла телеграмма ещё и от наркома иностранных дел Г.В. Чичерина, в которой говорилось: «Чехословацкие отряды не должны продвигаться на восток». И как результат: полное и окончательное разоружение корпуса и категорическое запрещение его эшелонам следовать в порт Владивосток. О содержании этих телеграмм, хотя они и шли с грифом для служебного пользования, чехословаки вскоре узнали от своих новых друзей — подпольщиков, имевших в структурах Центросибири тайных осведомителей. Полученные известия с ещё большей силой толкнули легионеров в объятия сибирских заговорщиков.
В результате в период вынужденного и продолжительного простаивания эшелонов на сибирских станциях некоторым чехословацким офицерам среднего звена удалось довольно плотно снестись с местными контрреволюционными организациями. Последние после привезённых из Москвы капитаном Коншиным указаний о совместных действиях с легионерами полностью доверились им и посвятили их специальных представителей в общий стратегический план предстоящего всесибирского антибольшевистского выступления, после чего чехословакам осталось определиться лишь в одном: они в «игре» или нет.