Обстрел Дома свободы вёлся в то утро не только с территории Городского и Соборного садов, но и с чердаков некоторых близлежащих зданий, и вроде бы как даже из слухового окна одного из них по красногвардейцам прицельно и весьма умело строчил пулемёт (маловероятно, однако сообщения об этом имеются). Опасность захвата оплота революционного большевизма, таким образом, была, видимо, достаточно велика, но, тем не менее, красным всё-таки удалось отстоять свою цитадель, после чего перейти в наступление и, выражаясь совсем уже военным языком, полностью опрокинуть противника. Ровно с тем же результатом закончились примерно к 10 часам утра бои и в других районах города. Все объекты, подвергшиеся атаке со стороны мятежников, Советам удалось удержать, захватить пленных и даже уничтожить некоторое количество боевиков. Потери же самих красных в тот день оказались совсем невелики: один красногвардеец по фамилии Герасименко[442] получил тяжелое ранение в живот, а ещё один — Потеряев — погиб. К сожалению, не обошлось без жертв и со стороны мирного населения. Так, смертельное ранение получила одна пожилая женщина, спешившая в то злополучное утро на улицу Торговую (ныне Вершинина) пораньше занять место на продовольственном базарчике.
Положение большевиков, несмотря на одержанную победу, оказалось, тем не менее, довольно шатким. Во-первых, вскрывшаяся накануне измена в рядах красноармейских подразделений, сильно подорвала доверие Советов к ним, и военно-революционный комитет, по некоторым сведения, практически не использовал их для борьбы с мятежниками, опасаясь перехода набранных по контракту военнослужащих на сторону эсеро-белогвардейских боевиков. Во-вторых, более преданные, с этой точки зрения, отряды пролетарской и интернациональной гвардии были уже достаточно утомлены не прекращавшимися уже несколько дней круглосуточными дежурствами да вдобавок ко всему оказались ещё и изрядно потрёпаны в результате только что закончившегося многочасового боя.
Поэтому во избежание повторного вооруженного выступления со стороны оппозиции, которое на этот раз, возможно, могло и пересилить потенциал красных, томские большевики решили прибегнуть к элементарному запугиванию своих противников и развесили днём 29 мая по улицам официальное объявление, подписанное председателем военно-революционного штаба Семёном Канатчиковым. В нём мятежники извещались о том, что, в случае возобновления ими боевых действий, красная артиллерия сразу же начнёт обстрел «тех мест города, где таковые попытки последуют». Для большей убедительности в устье реки Ушайки была поставлена на якорь баржа с размещёнными на ней несколькими пушками, стволы которых навели на торговую часть в центре города, откуда, предположительно, и ожидалось нападение на губисполком. Пушки, кстати сказать, установили на особых платформах, при помощи которых они достаточно легко и быстро поворачивались в любую сторону.
И толи это предупреждение подействовало, толи силы мятежников также оказались уже изрядно истощены, но только к часу дня 29 мая повстанцы полностью прекратили вооруженное сопротивление властям, и стрельба в Томске окончательно утихла. Есть сведения, что вооруженная оппозиция, реально оценив свои возможности, решила не предпринимать больше попыток самостоятельно свергнуть власть большевиков, а попросить помощи у чехов. По распоряжению штаба мятежников, в Новониколаевск к легионерам направили специального представителя, а проще говоря — гонца. История даже сохранила нам его фамилию — А. Чернецкий. Наступавшие с запада по Транссибу чехословаки уже успели к тому времени захватить Юргу (28 мая) и Яшкино (29 мая), так что до них было совсем рукой подать. Однако на их пути ещё находилась станция Тайга, контролировавшаяся достаточно сильным красным гарнизоном из Томска.
Несмотря на полное прекращение боевых действий, напряженность в Томске 29-го и 30 мая не спадала.