После этого командование на данном направлении было поручено генералу Гайде, а Сергея Войцеховского, 11 октября указом того же ЧНС повышенного в звании до генерал-майора, перевели в Уфу на должность командующего Поволжским фронтом вместо не справившегося со своими обязанностями некогда третьего члена военной коллегии чеховойск Станислава Чечека. Здесь, в Уфе, Войцеховского застал колчаковский переворот, который он полностью поддержал, а в декабре подал рапорт об увольнении из Чехословацкого легиона и перешёл на службу в войска А.В. Колчака. Последний в конце 1918 г. перевёл измотанные и полностью разгромленные части Поволжского фронта в резерв, а его командующему в феврале 1919 г. дал месячный отпуск по ранению.
Вернувшись в марте в действующую армию, Сергей Войцеховский получил назначение на должность командира 2-го Уфимского корпуса Западного фронта. В июне 1919 г. в ознаменование первой годовщины освобождения Сибири от власти большевиков и за проведение успешных операций лета и осени 1918 г. генерал Войцеховский был удостоен, наконец, высшей боевой награды Российской империи — ордена Св. Георгия Победоносца (4-й степени). Во время летних боёв 1919 г. корпус Войцеховского вёл кровопролитные бои на подступах к Уфе, в том числе и против полков знаменитой 25-й чапаевской дивизии красных. В августе Сергея Николаевича назначили командующим Уфимской группой войск, с которой в сентябре (уже после оставления Уфы) он провёл довольно успешную контрнаступательную операцию на Тобольском фронте, за что его наградили орденом Св. Георгия 3-й степени.
В октябре того же года приказом А.В. Колчака Войцеховский получил назначение на должность командующего 2-й Сибирской армией, с частями которой он в конце 1919 г. — начале 1920 гг. отступил сначала в район Красноярска, а потом к Иркутску. 26 января 1920 г. вместо умершего В.О. Каппеля Войцеховский принял на себя командование всеми объединёнными частями бывшей колчаковской армии и с ними в феврале того же года, оторвавшись, наконец, от преследования красных, вышел к Чите. Здесь приказом атамана Семёнова, назначенного последним распоряжением Колчака верховным управителем Российской Дальневосточной окраины, он был произведён в генерал-лейтенанты и определён на должность командующего всеми вооруженными силами Дальнего Востока. Однако в апреле 1920 г., так и не сумев, видимо, выстроить отношения с Семёновым, а может быть, просто, не видя никаких дальнейших перспектив для себя, Войцеховский подал в очередной раз прошение об отставке, передал командование войсками генералу Лохвицкому и отбыл в Крым в распоряжение генерала Врангеля. Оттуда вместе с остатками белой армии он эвакуировался в Стамбул.
Весной 1921 г. Войцеховский принял приглашение президента Т. Масарика вновь вернуться на службу в вооруженные силы Чехословакии и летом того же года вместе с семьёй и ближайшими родственниками переехал в недавно образованную республику на постоянное место жительства. В чехословацкой армии Сергей Николаевич зарекомендовал себя с самой лучшей стороны и сделал замечательную военную карьеру, пройдя путь от командира бригады до командующего Пражским военным округом, в 1929 г. ему было присвоено звание генерала армии. Однако столь успешное продвижение Войцеховского по служебной лестнице внезапно оборвалась в 1938 г., когда он выступил против Мюнхенского соглашения, призвал правительство республики всё-таки начать войну с Германией. А после того, как его Советам не вняли, даже попытался организовать ещё один в своей жизни военный переворот, однако на сей раз не нашёл для этого достаточного числа сторонников. Затея окончилась полным провалом, и Сергея Войцеховского в результате уволили из армии, отправив в 56 лет на пенсию.
В период начала фашисткой оккупации Чехословакии Сергей Николаевич вступил в ряды подпольного сопротивления, но вскоре из него вышел. И, тем не менее, после провала одной из нелегальных организаций Войцеховский всё-таки был арестован и в течение нескольких месяцев содержался в тюрьме, а после освобождения все последующие годы оккупации находился под надзором гестапо. 12 мая 1945 г., через три дня после вступления в Прагу советских войск, Сергея Войцеховского арестовали сотрудники СМЕРШа, вывезли в СССР и здесь его приговорили к 10 годам лагерей. Отбывал срок бывший генерал сначала под Нижним Новгородом, но в 1949 г. его перевели в Восточную Сибирь, в район станции Тайшет (ОЗЕРЛАГ, ворота БАМа). Здесь, по официальным данным, он и скончался в апреле 1951 г. от туберкулёза. Однако, по версии его внучатого племянника С. Тилли, смерть семидесятилетнего героя сибирского бунта произошла в 1954 г. из-за очередного приступа язвы желудка.