Родился в селе Комаровском (Комарово) или Курышинском Канского уезда, Енисейской губернии в семье священника, учился на юридическом факультете Петербургского университета, где и приобщился не только к кладезю мировой науки, но и к диссидентскому движению — посещал кружки сибирских областников и народников. За это в 1887 г., за два года до полного окончания курса юридических наук Вологодский, как неблагонадёжный, был исключён из университета и отправлен в ссылку по месту проживания матери — в Томск, под надзор родственников и полиции. С диссидентами Пётр Вологодский, однако, так и не порвал, продолжая поддерживать отношения и с революционерами, и с сибирскими автономистами. Так, именно в тот период Пётр Васильевич начал тесно сотрудничать с Николаем Ядринцевым сначала в качестве секретаря, а потом и журналиста в его областнической газете «Восточное обозрение».
В 1892 г. Пётр Вологодский экстерном окончил Харьковский университет, по профессии юриста, служил следователем, городским судьёй в г. Верном (Алма-Аты), заместителем семипалатинского областного прокурора, с 1897 г. — присяжным поверенным (адвокатом). С того же года в течение 20 лет он уже на постоянной основе проживал в Томске. В этот период Вологодский являл собой достаточно обеспеченного семейного человека, имел собственный дом по улице Нечаевской (ныне пр. Фрунзе)-17, с прислугой и «выездом», часто бывал за границей.
В революционном 1905 г. в соавторстве с Потаниным, Гаттенбергером и некоторыми другими ведущими областниками Пётр Васильевич разработал первый проект закона о земском (местном) самоуправлении в Сибири, включавшем в себя, в том числе, и положение о Всесибирской областной думе. В 1906 г. он принял активное участие в судебном процессе по нашумевшему делу о черносотенном погроме в Томске, защищая права пострадавших. За «антиправительственную» деятельность, выразившуюся в издании эсеровской газеты «Сибирский вестник», Вологодский на некоторое время в административном порядке был выслан из Томска. Однако в следующем 1907 г. он уже член II Государственной думы, выбранный по списку «прогрессистов» (объединённая группа кадетов и эсеров), спешащий в Петербург с наказами, в том числе и от сибирских областников. Однако поработать в Думе П.В. так и не успел, поскольку она очень скоро, ещё до приезда в столицу сибирской депутации, оказалась распущена по указу царя.
До Февральской революции 1917 г. Вологодский официально ни в одной из политических партий не состоял, хотя и водил знакомства с некоторыми видными не только провинциальными, но и столичными партийными деятелями, и сам значился в материалах томского охранного отделения как социалист-революционер. Вместе с тем он был известен в определённых кругах, прежде всего, как человек, хотя и беспартийный, но зато безупречно честный и однозначно порядочный. При всём при том нужно конечно же отметить, что большую часть сознательной жизни Пётр Васильевич являлся приверженцем, в первую очередь, идей сибирского областного автономизма. Он входил в число виднейших, как тогда говорили, работников на этом поприще, вследствие чего имел очень прочные связи и где-то даже непререкаемый лидерский авторитет в среде передовой сибирской интеллигенции.
Сразу же после Февральской революции Вологодский вошёл в состав комиссариата по управлению Томской губернией, а после завершения деятельности этого органа распоряжением Российского правительства его назначили председателем Омской судебной палаты (по сути, главным судебным чиновником Сибири). Октябрьскую революцию Пётр Васильевич не принял, однако и в открытой оппозиции к большевистскому режиму первое время не состоял. В конце января 1918 г. на нелегальном заседании Сибирской областной думы его заочно избрали в состав ВПАС (Временного правительства автономной Сибири) в качестве министра иностранных дел, о чём он узнал, как сам потом признавался, лишь несколько месяцев спустя. Может быть, именно поэтому Вологодский не уехал в феврале 1918 г. вместе с некоторыми другими министрами в китайский Харбин и остался в Сибири. Проживая в тот период в Омске, он вследствие ликвидации большевиками дореволюционной системы гражданских судов потерял прежнюю работу председателя окружной судебной палаты и исполнял обязанности скромного руководителя сибирского войскового казачьего суда.