В мае 1918 г. на челябинском совещании представителей Чехословацкого корпуса Гайду избрали членом временного исполнительного комитета чеховойск, вследствие чего амбициозный молодой капитан стал одним из вождей вооруженного антибольшевистского мятежа в Сибири. В ночь на 26 мая он командовал захватом г. Новониколаевска (Новосибирска). В дальнейшем вместе с подполковником Анатолием Пепеляевым руководил чехословацко-белогвардейскими частями, действовавшими против отрядов Красной армии на территории Средней и Восточной Сибири. За успешное проведение этих боевых операций в начале июля 1918 г. Гайда получил внеочередное воинское звание полковника, а в сентябре приказом по Чехословацкому корпусу — звание генерал-майора. Некоторое время спустя он был назначен командиром 2-й чехословацкой дивизии, в октябре того же 1918 г. стал командующим противобольшевистским Северо-Уральским фронтом и уже в начале декабря получил очередную высокую награду — орден Св. Георгия III степени. А в конце того же месяца за общее руководство операцией по взятию Перми приказом Колчака двадцатишестилетнего Радолу Гайду произвели в генерал-лейтенанты.
В январе 1919 г. он уволился из Чехословацкого корпуса и перешёл на службу в войска адмирала А.В. Колчака, получив под начало Сибирскую армию, наступавшую в направлении Пермь-Вятка. Удостоившись в 26 лет столь высокого воинского звания и должности в обход не менее достойных кандидатов из числа русских офицеров, Гайда испортил со многими из них личные отношения (в частности с бывшим побратимом — А.Н. Пепеляевым), что не могло конечно же не сказаться на результатах дальнейших войсковых операций. К тому же, явно начиная проявлять симптомы мании величия, в мае 1919 г. Радола Гайда вошёл в конфликт с самим Колчаком, отказавшись выполнять приказ его начальника штаба о переброске частей Сибирской армии в район Уфы на помощь терпящей бедствие Западной армии. Мало того, Гайда даже потребовал снятия начальника Главного штаба с должности, а в случае невыполнения данного требования пригрозил двинуть на Омск отряд «бессмертных» — свою личную гвардию, созданную по примеру персидских царей времён Кира Великого. За что 7 июля того же года генерал-лейтенант Гайда был снят со всех должностей и отправлен во Владивосток «по болезни в отпуск». А в сентябре, когда белогвардейской контрразведке стало известно о тесных контактах Гайды с антиколчаковской политической оппозицией, его разжаловали в рядовые русской армии и лишили всех правительственных наград. 17 ноября 1919 г. Гайда вместе с некоторыми руководителями сибирского эсеровско-областнического движения поднял вооруженный антиколчаковский мятеж во Владивостоке. Но эта, последняя, его попытка совершить подвиг во имя русской революции, уже больше похожая тогда на авантюру, закончилась в конечном итоге полным провалом, и он под защитой всесильных западных покровителей бежал из Владивостока сначала в Америку, а потом к себе на родину — в Чехословакию, ставшую уже к тому времени независимой республикой.
В 1920 г. Радола Гайда вновь был принят на службу в чехословацкую армию и назначен командующим дивизией в словацком городе Кошицы. В 1924 г. в звании бригадного генерала его перевели на должность первого заместителя начальника Генерального штаба, а в 1926 г. он возглавил этот штаб. В тот же период начинается и его политическая карьера, он избирается депутатом законодательного собрания республики. С 1923 г. Гайда начал живо интересоваться фашистским движением в Европе и по примеру Муссолини стал мечтать о создании в Чехословакии сильной единоличной власти в противовес, как он считал, загнивающей идеологии буржуазного либерализма. Угрозу государственной независимости Чехословакии он видел, прежде всего, в лице немцев и евреев, поэтому начал критиковать планы по предоставлению прав национальной автономии Судетской области, а также стал интриговать против руководства республики в лице Масарика и Бенеша, как ставленников мирового масонства, что, конечно, не прошло ему даром. Летом 1926 г. Гайду вновь (как и в 1919 г.) сначала отправили «по болезни в отпуск», а потом сняли со всех должностей, опять разжаловали в рядовые и в завершение всего лишили депутатской неприкосновенности. (А ещё говорят, что снаряд в одну воронку дважды не попадает.)