В начале декабря 1919 г. на станции Тайга, в то время Томской железной дороги, произошли события, которые могли в корне повлиять на дальнейшее развитие ситуации в Сибирском регионе. По приказу Анатолия Пепеляева был арестован главнокомандующий колчаковскими войсками консервативно настроенный генерал Сахаров. В то же самое время на ст. Тайга прибыл из Иркутска старший брат А. Пепеляева — Виктор, недавно назначенный на пост председателя колчаковского правительства. Оба брата в тот же день предъявили адмиралу Колчаку, также находившемуся на ст. Тайга, жесткий ультиматум: назначить нового главнокомандующего с более демократическими политическими взглядами это первое. Второе — срочно созвать Сибирский Земский собор из представителей от умеренных революционных партий, от областнического движения, а также от местного самоуправления, для того чтобы получить, в первую очередь, санкцию на формирование сибирского народного ополчения, призванного сдержать наступление красных войск и обеспечить тем самым провозглашение на территории Сибири и Дальнего Востока не зависимой от большевистской России автономной республики, с истинно демократическими институтами власти. Верховному правителю предложили сутки на размышление, после чего братья Пепеляевы пригрозили перейти к самым решительным действиям.
Однако, когда срок ультиматума истёк, запал заговорщиков почему-то быстро иссяк, и они не решились арестовать верховного правителя, отказавшего им, а вместе с ними и всему демократическому сообществу Сибири в созыве Земского собора. Премьер-министр В. Пепеляев покорно прицепил свой вагон к железнодорожному составу Колчака, да так и ехал у него на хвосте до самого Иркутска, где он вместе с адмиралом был арестован и 7 февраля расстрелян по негласному указанию из Москвы. А генерал Пепеляев, узнав, что главнокомандующим колчаковских армий назначен популярный в войсках Владимир Каппель, убыл из Тайги в родной Томск, откуда он, спустя две недели, что называется, еле-еле унёс ноги, спасаясь от охватившего город большевистского вооруженного восстания.
Доехав с остатками томского добровольческого полка по железной дороге до Красноярска, Анатолий Пепеляев намеревался вновь объединить под своей командой силы 1-й Сибирской армии, но неожиданно заболел тифом и слёг в госпиталь. Остатки пепеляевской «армии» перешли под команду генерала Зиневича, который в начале января 1920 г. объявил о переходе белых сибирских полков на сторону эсеровско-земского Политцентра, поднявшего антиколчаковский мятеж в Иркутске. Вскоре в Красноярск вошли части 5-й Красной армии, полностью разоружили не оказавших им никакого сопротивления белых сибиряков. А их легендарного командира генерала Пепеляева спасло тогда от ареста только то, что его тайно вывезли на восток в санитарном поезде братья чехословаки.
Добравшись таким образом до Забайкалья и там оправившись от тяжелого недуга, Анатолий Николаевич пытался создать собственный партизанский отряд для борьбы с красными, но, узнав, что здесь всё делается по воле и на деньги негласных хозяев этого края — японцев, молодой генерал окончательно оставил службу и отбыл вместе с семьёй в Харбин. По другой версии, бывшие товарищи по белому движению из числа добравшихся до Забайкалья остатков колчаковских войск не смогли простить генералу Пепеляеву тот инцидент на ст. Тайга и, приклеив к нему ярлык эсеровского «прихвостня», вынудили подать в отставку.
Находясь в Харбине, Анатолий Пепеляев долгое время отказывался от различного рода поступавших к нему предложений на предмет продолжения вооруженной борьбы с большевиками, сколотил из нескольких своих сподвижников по бывшей Сибирской армии трудовую артель и занимался частным извозом. По-прежнему ощущая себя белой вороной в среде разношерстных эмигрантских кругов, Анатолий Николаевич в период недолгого харбинского забвения близко сошёлся с зачинателем идей сменовеховства, позже переродившихся в идеологию национал-большевизма, — философом Николаем Устряловым. Последний, как известно, считал, что большевики, как редиска, только снаружи красные, а внутри — точно такие же белые националисты и приверженцы русского имперского мышления.