Но, однако, «не вынесла душа поэта» вынужденного забвения, да и старые эсеровские связи вскоре дали о себе знать. Летом 1922 г. на отставного тридцатилетнего генерала вышел известный эсеровский функционер Пётр Куликовский и предложил Анатолию Пепеляеву собрать во Владивостоке под крылом белого правительства во главе с воеводой Дитерихсом так называемую Сибирскую добровольческую дружину, морем переправиться в посёлок Аян, откуда начать наступление на Якутск и дальше — в глубь сибирской территории, охваченной крестьянскими восстаниями. В этот якутский поход, начавшийся осенью того же 1922 г., генерал Пепеляев взял многих, оставшихся к тому времени в живых ближайших своих сподвижников по 1-му Средне-Сибирскому добровольческому корпусу. Однако эта операция полностью провалилась, и в июне 1923 г. в блокированном красными частями Аяне Пепеляев без боя сдался советскому комдиву Вострецову.
В январе 1924 г. в Чите состоялся суд над участниками якутской экспедиции, и Анатолий Пепеляев был приговорён к высшей мере наказания — расстрелу. Однако в результате ходатайства о помиловании на имя председателя ВЦИК Калинина, смертный приговор заменили 10 годами тюрьмы. Выйдя на свободу в 1936 г., Анатолий Николаевич поселился в г. Воронеже, работал столяром и подал заявление в местный пединститут, желая приобрести самую мирную профессию — учителя. В то же самое время он попал в поле зрения шефа НКВД Генриха Ягоды, последний вызвал бывшего сибирского генерала в Москву, видимо, с целью вербовки его для очередной провокации в белоэмигрантских кругах. Однако вскоре самого Ягоду, прозевавшего заговор красных маршалов, Сталин заменил на Ежова. А при этом кровавом карлике «полетели в топку» большевистского паровоза, как известно, не только советские маршалы и генералы, но и многие тысячи оппозиционно настроенных к советской власти, но в своё время прощённых ею участников революции и Гражданской войны. В их числе оказался и Анатолий Пепеляев. В августе 1937 г. его вновь арестовали, доставили в новосибирский следственный изолятор и 14 января 1938 г. расстреляли по трафаретному обвинению — в создании контрреволюционной организации.
Имя Анатолия Пепеляева при советской власти подверглось полному забвению… Ну как же — белогвардейский генерал, да сочувствующий правым эсерам (а эту партию большевики, кажется, ненавидели порой даже больше, чем кадетов), да ещё и имевший какое-то отношение к движению сибирских областников-автономистов. Только в перестроечные годы запретное табу удалось снять, 20 октября 1989 г. решением прокуратуры Новосибирской области Анатолий Николаевич Пепеляев был полностью реабилитирован. 15 июля 2011 г. на кладбище посёлка Бактин в Томске появились символические мемориальные могилы двух генералов — отца и сына Пепеляевых Николая и Анатолия. На торжественной церемонии присутствовал правнук Анатолия Николаевича — Виктор.
В архиве Гуверовского института США до сих пор хранятся неопубликованные дневники этого нашего земляка, некогда одного из самых знаменитых героев Гражданской войны в Сибири.
Пепеляев Виктор Николаевич — 34 года в 1918 г., старший брат Анатолия Пепеляева, родился в г. Нарым Томской губернии, окончил Томский государственный университет, сначала юридический, а потом исторический факультет. Работал преподавателем гимназии в Бийске, тогда же был избран депутатом Государственной Думы IV созыва. Видный деятель кадетской партии, член её ЦК, в 1918 г. стал председателем восточного отделения партии (лидер сибирских кадетов). Являлся одним из активных организаторов колчаковского переворота в Омске, занимал должности товарища (заместителя) министра внутренних дел и начальника департамента милиции в правительстве Колчака. Пепеляев старший несёт прямую ответственность за многие акты расправ над мирным населением Сибири в период Гражданской войны и, видимо, поэтому, как и Колчак, до сих пор не реабилитирован. Весной 1919 г. Виктор Николаевич занял пост министра внутренних дел, а с 22 ноября того же года — председателя совета министров колчаковского правительства, сменив на этом посту П.В. Вологодского. Был арестован в Иркутске в январе 1920 г. по решению эсеровского Политцентра и расстрелян 7 февраля того же года вместе с Колчаком по распоряжению большевистского военно-революционного комитета.