В июне того же года, когда на территории не только Забайкалья, но и всей Сибири, а также Дальнего Востока заполыхало пламя Гражданской войны, Сергей Афанасьевич был командирован (если верить воспоминаниям Семёнова, то именно им) в Харбин в распоряжение генерала Д.Л. Хорвата, провозгласившего себя в начале июля (по сути — самозванно) временным верховным правителем России. Тогда же Сергей Таскин вместе с некоторыми другими сибирскими политиками праволиберального толка вошёл в так называемый Деловой кабинет (правительство) при генерале Хорвате и занял в нём должность министра земледелия и государственных имуществ. Известие о создании этого правительства с большим воодушевлением восприняли тогда, прежде всего, в Томске в среде областников из ближайшего окружения Г.Н. Потанина (так называемый Потанинский кружок), а также в Петрограде в столичной группе сибирских автономистов, возглавляемых давним знакомым Сергея Таскина Виктором Пепеляевым.
От лица потанинской группы переписку с дальневосточным Деловым кабинетом вёл Александр Адрианов, полагавший, что в качестве возможного компромиссного варианта между правительством Хорвата (нелегитимным, но политически правильным, с точки зрения лидеров околопотанинской группы) и Временным правительством автономной Сибири (легитимным, но политически неблагонадёжным) вполне приемлемым будет создание на базе предыдущих двух ещё одного (сборного) правительства, в состав которого должны были войти: от Делового кабинета областники — Востротин, Окороков и Таскин, а от Временного Сибирского правительства — люди, также определённо близкие к Потанинскому кружку, — Вологодский и Крутовский. Такая идея, по всей видимости, устраивала и Виктора Пепеляева, назначенного в тот период куратором от кадетской партии на востоке России. С ним Сергей Таскин встретился в начале октября во Владивостоке, куда Пепеляев прибыл с деловым визитом в целях организации праволиберальных сил на борьбу с новым проектом умеренно левых политиков — с Уфимской Директорией. К этому времени идея сборного правительства, выдвинутая Потанинским кружком, уже изжила себя в умах высоких политиков буржуазного толка как в самой России, так и за её пределами, а ставка была сделана на совершенно ошибочный вариант, как показало будущее, — на военную диктатуру адмирала Колчака.
В этом новом политическом раскладе Сергею Таскину уготовили на сей раз весьма скромную роль — должность сначала комиссара, а потом управляющего Забайкальской областью. 27 ноября 1918 г. он прибыл в Читу и приступил к исполнению своих обязанностей. Став представителем колчаковской власти (официально — с 5 декабря), он сразу же, во-первых, столкнулся с противодействием атамана Семёнова, у которого с новым верховным правителем России отношения, мягко говоря, не сложились. А во-вторых, и сама власть управляющего областью являлась абсолютно формальной, поскольку на территории Забайкалья безраздельно хозяйничал один только Григорий Михайлович Семёнов, неусыпно оберегаемый политическими и военными заботами Японии. Точно так же — чисто формально — в Забайкалье в тот период действовали органы городского и земского самоуправления, впрочем, гражданские власти и на территории остальной Сибири («Колчакии») вряд ли находились в лучшем положении.
Об идеях сибирского автономизма и демократии в «царстве» Семёнова тогда забыли вообще, а вместо этого в голове, мягко говоря, странного казачьего атамана созрел план по созданию единого монголо-бурятского государства под протекторатом монархической Японии. Какие порядки должны были царить в новом территориальном образовании, можно судить хотя бы по тому факту, что третий круг Забайкальского казачества, собранный по инициативе Семёнова в мае 1919 г., высказался за ликвидацию органов земского самоуправления на казачьих территориях (лиха беда — начало). Таким образом, отменялись решения II казачьего съезда, проходившего летом 1917 г. под председательством Сергея Таскина и под диктовку партии эсеров.
Интересы Семёнова и Таскина, а также стоявших за ними политических группировок вновь сблизились в январе 1920 г., когда адмирал Колчак, потерпевший к тому времени полное поражение в противостоянии с большевиками, передал все полномочия по верховному управлению Забайкальем и Дальним Востоком в руки атамана Семёнова. Последний вновь, как и в апреле 1918 г., создал при своей персоне автономное правительство (официально — правительство Российской Восточной окраины) для управления не подконтрольными Советам территориями. С.А. Таскин занял сначала опять должность управляющего гражданской частью в этом правительстве, а вскоре и возглавил его. Однако бороться с красными Семёнов оказался ещё менее способен, чем Колчак, да и дальневосточные земцы после нескольких поражений атаманского воинства отказались подчиняться забайкальскому царьку.