Зарождающееся присутствие джихадистских элементов, на которое намекалось в некоторых донесениях разведки оперативной группы "Рейнджер", в итоге породило салафитский (крайняя форма суннитского джихадизма) мятеж со стороны связанной с Аль-Каидой террористической организации под названием Аль-Итихад аль-Ислами (АИАИ), начавшийся в Эфиопии, но вскоре распространившийся на Кению и Сомали. АИАИ оказывала поддержку взрывов Аль-Каидой посольств США в Кении и Танзании в 1998 году, но после 11 сентября многие джихадисты бежали в Йемен. Те, кто остался в Сомали, столкнулись с вторжением эфиопских военных, намеревающихся уничтожить эту организацию. Некоторые выжили и создали поддерживаемый Эритреей Союз исламских судов (СИС) и его военизированное крыло Аш-Шабаб.
На рубеже тысячелетий в Сомали было сформировано молодое федеральное правительство, а сомалийские военные начали реформироваться для борьбы с СИС, который превратился в крупную силу и контролировал большую часть юга страны. Его деятельность также финансировалась сообщниками Аль-Каиды. Военнослужащие американских SOF и сотрудники Отдела специальной деятельности ЦРУ начали секретные операции в Сомали в рамках операции "Черный ястреб" (Operation Black Hawk), по-видимому, названной в память об оперативной группе "Рейнджер", часто вербуя членов местных кланов для проведения акций против проникшей в страну Аль-Каиды.
Оперативная группа JSOC "Оринж" (Task Force Orange) – еще одно название Отдела оперативной разведки – отслеживала сотовую связь для помощи в нацеливании этих завербованных на месте боевиков на членов Аль-Каиды. Важно отметить, что их целями были члены восточноафриканской ячейки Аль-Каиды, а не СИС и Аш-Шабаб. После продолжительных боев, в июне 2006 года, СИС фактически удалось ненадолго взять власть, захватив Могадишо. Эфиопия, встревоженная перспективой перехода соседнего государства под контроль джихадистов, в конце года вторглась в Сомали. Операторы JSOC, включая нескольких военнослужащих "Дельты", тайно включились в ряды эфиопских сухопутных сил и использовали пару AC-130, базирующихся в Эфиопии, для нанесения ударов по скоплениям боевиков Аш-Шабаб.
