За военными заботами Дюк не забывал и о гражданских делах. В январе 1809 года он создал прививочный комитет, который должен был провести масштабную вакцинацию населения от оспы.
Известно, что первая оспенная прививка в России была проведена в 1768 году императрице Екатерине И, ее сыну с невесткой и внукам Александру и Константину. «Санкт-Петербургские ведомости» писали 11 ноября: «Сколь полезно прививание оспы роду человеческому, показывают опыты в Англии, и сколь вредна природная оспа, видим мы почти ежедневные примеры в России. Наша всемилостивейшая Государыня, соображая сия, предприняла привить себе оспу как для собственной безопасности, так и для подания примера через Самою Себя не только всей России, но и всему роду человеческому, будучи удостоверена, что один такой пример сильнее всех других образов по введению у нас столь нужного дела». Через два года в столице опубликовали наставление о прививании оспы, которое впоследствии войдет в Свод законов Российской империи, и сочинение Томаса Димсдейла «Нынешний способ прививать оспу» с приложением в виде дневника, в котором английский врач, проведший эту операцию, день за днем описывал состояние венценосной пациентки после прививки. Она в самом деле подвергла свою жизнь опасности: ей пересадили материал, взятый от заболевшего ребенка Александра Маркова, которого после успеха операции сделали графом Оспенным. Однако многие привитые таким образом люди переболевали тяжелой формой болезни и оставались обезображенными, а два процента и вовсе умирали.
Английский врач Эдвард Дженнер (1749–1823), которому сделали такую прививку в восьмилетием возрасте, посвятил 25 лет жизни исследованию этой проблемы и пришел к выводу, что для предохранения людей от заболевания натуральной оспой нужно вырабатывать иммунитет, искусственно заражая их коровьей оспой. Свою брошюру об оспопрививании он опубликовал в июне 1798 года за свой счет. Через несколько месяцев о ней заговорили в Женеве, а в Лондоне возникло… анти-оспенное общество, публиковавшее сатирические карикатуры. В 1800 году первые прививки по методу Дженнера были сделаны во Франции, с подачи министра внутренних дел Люсьена Бонапарта и министра внешних сношений Талейрана.
В России первую противооспенную вакцинацию провел в октябре 1801 года доктор медицины Е. О. Мухин в здании Императорского Воспитательного дома в Москве. Привитого мальчика Антона Петрова переименовали в Вакцинова. Наконец и в Англии одумались: герцог Йоркский объявил вакцинацию обязательной в армии, а герцог Кларенс (будущий король Вильгельм IV) — на флоте. В 1803 году в Лондоне были основаны Королевское Дженнеровское общество и Институт оспопрививания.
Ришельё, переписывавшийся с некоторыми французскими учеными, был в курсе этих достижений. В каждом из восьми уездов Екатеринославской губернии были образованы прививочные комитеты, состоявшие из двоих хирургов, двоих наблюдателей из дворян и одного инспектора. Дюк потребовал, чтобы каждое воскресенье в церквях читали с амвона обращение архиепископа к пастве, в котором говорилось, что в вакцинации нет ничего богопротивного, а напротив, это долг каждого доброго христианина. С сентября 1809 года по март 1810-го были привиты от оспы 7065 детей.
Тем временем 5 (17) сентября 1809 года во Фридрихсгаме был подписан мирный договор между Россией и Швецией, по которому шведы уступали России в вечное владение всю Финляндию с Аландскими островами и обязывались поддержать континентальную блокаду, закрыв свои гавани для англичан. 2(14) октября в Вене был заключен мир между Францией и Австрией. «Война между Францией и Австрией могла иметь пагубные последствия для всей Европы, мир же между ними может счастливо сказаться на всех народах, — с облегчением писал Дюку граф Румянцев 25 октября. — Отныне нам остается пожелать заключить мир с Турцией и Персией, и возможно, нам удастся свершить сие по нашему желанию, а потом завершить великую борьбу с Англией, чтобы отпраздновать всеобщий мир. Только тогда всё внимание и все заботы Нашего Августейшего Государя будут посвящены процветанию торговли, умножению ее выгод и источников, дабы вознаградить через сие, и с лихвой, своих верных подданных за убытки, кои они понесли из-за войны и застоя в торговле».
Одесса между тем праздновала выздоровление Дюка после долгой болезни (он снова слег, вернувшись из столицы, — весьма симптоматично). «Любовь, преданность и уважение, кои к нему питали, проявились при данных обстоятельствах самым трогательным образом, — писал Рошешуар. — Все восхищались этим человеком безукоризненных нравов, порядочным, щедрым, любезным, входящим в дела других и всегда счастливым оказать услугу».
Зато немирные горцы надеялись обратить все эти бесценные качества в звонкую монету, организовав похищение и потребовав выкуп за неутомимого генерал-губернатора, который, едва встав на ноги, вернулся к исполнению своих обязанностей. Ланжерон приводит этот эпизод, имевший место в сентябре 1809 года:
