К 1949 году Светлана перебралась обратно в пустую кремлевскую квартиру. Уже много лет ее отец жил на кунцевской даче. Вместо Александры Накашидзе функции экономки теперь выполнял «комендант» — капитан госбезопасности Иван Иванович Бородачев, свято охранявший доверенные ему «ценности», и записывавший на бумажку книги, которые Светлана брала из библиотеки отца в столовой. После войны Сталин заставлял снимать пробы со всех блюд, которые подавали на стол. Специальные врачи подвергали химическому анализу на яды все съедобное, поставлявшееся к нему на кухню. К каждому свертку с продуктами прилагался специальный «акт», скрепленный печатями: «Отравляющих веществ не обнаружено». Иногда доктор Дьяков появлялся на квартире в Кремле со своими пробирками и «брал пробу воздуха» из всех комнат. Светлана сухо комментировала эту осторожность: «Поскольку мы там жили, и прислуга, убирая комнаты, оставалась жива, очевидно, все было в порядке».
Теперь Светлана была разведенной женщиной, и у нее был четырехлетний сын. Ее няня Александра Андреевна жила с мальчиком на даче в Зубалово. Весной 1949 года Сталин приехал туда, чтобы впервые увидеть внука. Светлана очень волновалась перед этой встречей. Сталин наотрез отказывался знакомиться со своим зятем, поэтому она боялась, что он не примет и внука. «Я никогда не забуду, как я тогда перепугалась, — говорила она позже. — Иосиф был очень привлекательным мальчиком, походил на маленького грека или грузина с большими влажными темными еврейскими глазами и длинными ресницами. Я была уверена, что отцу он не понравится. Я даже не представляла себе, что все может быть по-другому».
Но Сталин тепло отнесся к мальчику, даже увел его в лес поиграть примерно на полчаса. Потом он даже похвалил Иосифа: «Он симпатичный мальчик, у него красивые глаза». Она долго думала над этими ласковыми словами, прозвучавшими из уст грубого, скупого на похвалу человека. Сталин видел своего внука всего три раза в жизни. При этом самое удивительное, что внук всегда вспоминал дедушку с любовью и держал его фотографию у себя на столе.
В июне 1949 года Светлана закончила исторический факультет Московского университета и тут же поступила в аспирантуру по специальности «Русская литература». В этот раз отец остался равнодушным к ее тяге к «этой богеме».
Светлана считала себя бездеятельной и ранимой, но окружающие видели ее совсем другой. Ее двоюродный брат Владимир называл ее «грубой и неуравновешенной», хотя в то же время «смелой и независимой, имеющей свои собственные принципы в традициях семьи Аллилуевых». Ее друг Степан Микоян чувствовал, что ее стеснительность наполовину напускная: «Светлана была очень тихой и стеснительной, пока вокруг все было спокойно. Когда же что-то было не по ней, она становилась очень сильной».
Кандид Чарквиани, знавший Светлану еще в детстве, теперь стал Первым секретарем ЦК коммунистической партии Грузии. Они встретились с ней на озере Рица, где отдыхал Сталин. Светлана приехала навестить отца. Несколько дней все просидели на даче, пока не стих проливной дождь. Тогда они пошли прогуляться. Впереди шел генерал-майор Поскребышев, личный доверенный секретарь Сталина.
Неожиданно Светлана свернула с мощеной дорожки и пошла к бурлящей реке. Через нее вместо мостика было переброшено большое бревно, и Светлана собралась перейти по нему на другую сторону. Остальным она бросила на ходу: «Не бойтесь, ничего со мной не случится!» «Мы оказались в странном положении, — вспоминал Чарквиани. — женщина, забравшись на это бревно, чтобы пересечь бурлящую после сильного дождя горную реку, бросала нам вызов». Поскребышев словно к месту прирос, а Чарквиани полез за Светланой, с отвращением обнаружив, что на другой стороне ей были нужны всего лишь какие-то бледные замерзшие цветочки. Она ловко вгоняла в бревно свои острые каблучки, а Чарквиани пришлось ползти за ней, с ужасом поглядывая на бушующую внизу реку. Светлана явно развлекалась, дразня товарищей своего отца.
По мнению Чарквиани Светлана была упряма и могла перечить своему отцу. Через несколько дней во время ужина в присутствии гостей, в том числе, Молотова и Микояна, она сказала, что хочет вернуться в Москву. Сталин не хотел ее отпускать. Чарквиани так запомнил этот разговор:
