Ок. 458 г до н. э. персидский царь Артаксеркс I даровал Иерусалимской гражданско-храмовой общине ряд привилегий, поставил во главе нее своего придворного из иудеев, фанатичного монотеиста Эзру, и, по-видимому, подчинил в культово-ритуальном отношении верхушке этой общины и Иерусалимскому храму все прочие общины, желающие заявлять себя в качестве иудейских. Эзра ужесточил религиозную практику и всю жизнь в Иерусалиме в духе ортодоксального иудаизма, изгнав, в частности, из города и общины всех иудеев, не пожелавших расставаться со своими женами-язычницами. При Эзре развивался острый конфликт членов реформированной им общины с неортодоксальными евреями — как с иудеями, так в особенности и с самарянами, возглавлявшимися Санваллатом из еврейского языческого рода; доходило до вооруженных столкновений Санваллата и его союзников с Иерусалимом. Дело Эзры было продолжено также с санкции Ахеменидов Нехемией (V или IV в. до н. э.). В IV в. до н. э. Иерусалиму подчинялась уже вся персидская провинция Иудея, входившая после македонского завоевания то в Птолемеевское, то в Селевкидское царство в качестве автономии под местной властью иерусалимских первосвященников Второго храма.
Покровительственные меры Ахеменидов в адрес иудаистской общины в Иерусалиме привели к тому, что уже к концу IV в. до н. э. еврейское язычество перестало существовать: неортодоксальные элементы ассимилировались в среде соседних народов, а сохранившие идентификацию группы иудеев в религиозном отношении подчинялись Иерусалиму и блюли поддерживаемую там монотеистическую ортодоксию, т. е. превратились в уникальную этнорелигиозную общность — язычники теперь официально не считались евреями вообще. К монотеизму перешли в третьей четверти I тысячелетия до н. э. и самаряне, утвердив в качестве своей священной книги Пятикнижие — первую часть Ветхого Завета; впрочем, иудеи не считали самарян евреями ни в смысле этноса, ни в совпавшем теперь с этносом религиозном аспекте (как неортодоксальных).
Тем не менее противостояние языческих и ортодоксальных теоцентрических тенденций в иудейской культуре сохранялось, хотя и в подспудной форме. Так, около III в. до н. э. была создана канонизированная в итоге «Книга Когелет» («Экклесиаст»). Во многих отношениях она продолжала традиции месопотамской и переднеазиатской «литературы мудрости» и фактически сочетала строгий монотеизм в картине мира (над всем властен единый всемогущий Бог) с антропоцентрическим отношением к нему. Согласно этому произведению, Бог устроил мир так, чтобы устрашать человека; миропорядок этот для людей в конечном счете неблагоприятен и безнадежен; людям в таком мире имеет смысл сосредоточиться на достижении собственных радостей, которые они все-таки могут добыть в рамках установленных Богом порядков, изменить которые они все равно не в силах. Другая вошедшая в Ветхий Завет композиция третьей четверти I тысячелетия — «Книга Иова», напротив, резко полемизирует с языческими жалобами на несправедливость Бога, под властью которого правда зачастую попирается, а праведники бедствуют. В книге подобные жалобы опровергаются вовсе не тем, что Бог на самом деле прав, а наблюдаемая несправедливость либо временная, либо кажущаяся (эти аргументы, взятые из месопотамской традиции, в «Книге Иова» отвергаются), а тем, что Бог по своему всемогуществу выше справедливости и не подлежит осуждению и упрекам, что бы Он ни делал.
В 60-е годы II в. до н. э. сама же иерусалимская верхушка, устав от налагаемых на нее ортодоксией ограничений, при первосвященниках, принявших греческие имена Ясона и Менелая, сперва попыталась реформировать иудаизм, интегрировав его с эллинизмом, а потом и вовсе запретила его под страхом смерти и ввела в Иерусалимском храме культ какого-то языческого божества (вероятно, западносемитского) вместо запрещенного отныне культа Яхве. Иерусалим превратился в полис эллинистического образца. Все эти меры разрешил и поддержал селевкидский царь Антиох IV Эпифан.
