Древнейшим развитым неолитическим поселением (до 16 (?) тыс. человек) на юге Дельты была Меримда Бени-Салама (60 км от Каира; 5000–4100 гг.). Его жители выращивали зерновые (эммер, ячмень), бобовые, лен, разводили овец, коз и свиней. Их погребения почти лишены инвентаря — особенность, характерная для всего Нижнего Египта. Для культурного комплекса Маади (р-н Каира; 4000–3200 гг. до н. э.), продвинувшегося далее в Дельту (Миншат Абу Омар, Телль эль-Фараин (Буто) и др.), кроме сельского хозяйства (земледелие, общинные (?) зернохранилища; скотоводство, одомашненный осел как средство переноски грузов), характерна развитая металлургия меди, а также общая «торговая» ориентированность экономики (связи с Передней Азией, Верхним Египтом). В целом, нижнеегипетские культуры, известные по периферии Дельты, предстают эгалитарными и изолированными, а с середины IV тысячелетия до н. э. обнаруживают нарастающее влияние верхнеегипетских культур, которые в конечном счете их ассимилировали.
Неолитические культуры Верхнего Египта обнаруживают большую преемственность. В самой ранней Фаюм А (ок. 5500/5000-4400 гг. до н. э.) скотоводство (козы, овцы, свиньи) и земледелие (ячмень, эммер, лен) уже являлись основой жизни. Культура Бадари (с 4500 г. до н. э.) известна по десяткам поселений и крупных некрополей (Бадари, Таса, Мостагедда, Матмар и др.), которые впервые обнаруживают «узнаваемые» элементы погребального культа. «Предметы роскоши» (медные бусины, гребни из слоновой кости, бирюза, раковины) говорят о расслоении общества, иной, чем в Дельте (статусной), ориентированности культа, а также о контактах культуры с «внешним» миром (Красным морем, Синаем, Югом). В начале IV тысячелетия до н. э. Бадари сменила ведущая верхнеегипетская культура Накада. Ее особенностью является динамичная экспансия из начального центра в районе Фив. В фазе Накада-I (или Амра, ок. 4000–3500 гг. до н. э.) она достигает Абидоса и I порога; в Накаде-II (или Герзе, ок. 3500–3200 гг. до н. э.) Дельты и Нубии (II порога). Для герзейского периода характерны новые технологии в производстве керамики, обработке камня, металлургии меди; в росписи керамики, стен погребений обозначается ключевой (неоднозначный в интерпретации) «герзейский» мотив — многовесельные серповидные ладьи. Главное явление этого периода — возникновение в Верхнем Египте крупных локальных центров (неизвестных в Дельте). Концентрация и дифференциация их сельского населения, а также специализация и средоточение в них ремесел, обмена натуральных продуктов стали определяющей ступенью структурной эволюции общества. В отличие от Шумера они не развились в самоуправляющиеся города-государства, но сыграли важную роль в процессе государствообразования.
Главными центрами были крупнейший додинастический город Иераконполь (греч. «Соколоград»; др.-егип. Нехен); Тин (Тинис) (др.-егип. Чени, вероятно, совр. Гирга, близ Абидоса) и Накада (др.-егип. Нубт, «(Город) золота»). На их элитарных некрополях появляются погребения с «символами власти» — каменными навершиями булав, жезлами, резными пластинами (палетками) с мотивами войны, охоты и прочим, цилиндрическими печатями. Выражая «идеологический базис» власти, они свидетельствуют о появлении локальных правителей — царей, контролировавших ранние «номовые» царства. Их объединяют в условную «династию 0», предшествующую историческим династиям Манефона. Борьба этих ранних царств за прямой контроль над торговыми путями (к оазисам, к Вади Хаммамат, на юг в Кустул и др.), за источники сырья в Восточной пустыне, за гегемонию над плодородной долиной с ее предельно ограниченной территорией (и, в конечном счете, ее объединение) была движущей силой и содержанием финальной (и плохо известной) фазы Накада-III (или преддинастической, ок. 3200–3000 гг. до н. э.).
Додинастический сосуд с ладьей. Период Накада II (Герзе). IV тысячелетие до н. э. Лондон, Музей Фл. Питри
Процесс объединения Египта не очень ясней, хотя моделей существует несколько («ирригационная», военная, торговая, экологическая, идеологическая, «продовольственная» и др.). За исключением первой (факт централизованного регулирования ирригации в рамках страны не подтверждается), они все содержат рациональное зерно. Очевидно, что процесс был поэтапным, длительным, в течение несколько поколений (?), и немирным.
