С начала 1900-х годов Н. Е. Марков начинает заниматься активной политической деятельностью. Так, с 1904 г. он являлся членом кружка консервативно настроенных курских дворян, который сложился вокруг Белгородского уездного предводителя дворянства графа В. Ф. Доррера (в этот кружок входили такие видные впоследствии правые деятели, как М. Я. Говорухо-Отрок, князь Н. Д. Касаткин-Ростовский, Г. А. Шечков, Я. В. Кривцов, Н. Е. и Г. Е. Мухановы и др.). В декабре 1904 г. Н. Е. Марков от имени Курского земского собрания составил адрес Императору Николаю II, в котором подчеркивалась необходимость сохранять незыблемость самодержавной власти.
Впоследствии сам Марков так описывал события, которые произошли во время принятия адреса: «Служащие в то время кадетской Губернской земской управы ворвались к нам во время заседания, угрожая стульями и палками, выгнали наше земское собрание из земского дома и, оставшись победителями, влезли на столы и стали петь рабочую “Марсельезу”. Возмущенный наглостью революционеров, я вошел в их круг и провозгласил “ура!” Самодержцу Всероссийскому. Мой возглас был поддержан большей частью публики, и испуганное патриотическим порывом народа разбойничье племя постыдно бежало на улицу»5. Этот пример наглядно характеризует Н. Е. Маркова как решительного человека и убежденного консерватора.
В дальнейшем именно кружок курских дворян стал ядром учрежденной 5 сентября 1904 г. и организационно оформленной в сентябре 1905 г. Курской народной партии порядка (КНПП)6, в которой состояли около 500 членов. Н. Е. Марков являлся одним из учредителей этой партии, стал вице-председателем ее Щигровского отдела. После того как в декабре 1906 г. эта партия была преобразована в Курский отдел Союза Русского Народа (СРН), Н. Е. Марков стал членом Совета его Курского отдела, который состоял примерно из 1770 человек, а также основал и возглавил Щигровский уездный отдел СРН (в феврале 1912 г. он оставил пост председателя этого отдела, оставшись его почетным председателем). С августа 1909 г. Н. Е. Марков также являлся председателем Курского губернского отдела Союза Русского Народа.
Кроме того, с 1905 г. Н. Е. Марков участвовал в деятельности съездов Объединенного дворянства, являлся членом комиссии по еврейскому вопросу при его Постоянном совете. Вне всякого сомнения, уже в те годы он являлся признанным всеми правыми знатоком еврейского вопроса.
20 июня 1905 г. в жизни Н. Е. Маркова произошло еще одно весьма важное событие. В этот день в числе дворян Курской губернии Николай Евгеньевич участвовал в депутации к Царю. Представители курского дворянства требовали сохранить в новом государственном строе два основных сословия (крестьянство и дворянство), а так же отстаивали сословные начала выборов и неприкосновенность самодержавной власти7.
Помимо политической деятельности Н. Е. Марков активно занимался публицистикой, в частности издавал газету «Курская быль», а в 1907-1908 гг. сотрудничал с право-монархической газетой «Свет». Позднее он стал постоянным автором и издателем «Земщины» и «Вестника Союза Русского Народа», печатаясь под псевдонимами «Буй-Тур» и «Гой».
На выборах во II Государственную Думу (1907 г.) Н. Е. Марков был избран выборщиком в губернское избирательное собрание, однако баллотировался в депутаты безуспешно, хотя и получил наибольшее количество голосов среди правых кандидатов. Летом 1907 г. Марков принял участие в деятельности Всероссийских съездов земских деятелей в Москве и был на этом съезде одним из самых активных правых ораторов.
С 1907 г. Н. Е. Марков являлся депутатом III Государственной Думы от Курской губернии. В Думе он стал известен как Марков 2-й, так как депутаты-однофамильцы в зависимости от старшинства получали порядковый номер. А за внешнее сходство с Императором Петром I Марков удостоился прозвища «Медный всадник». Нередко его также называли и «курским зубром» – после того как он сравнил русских правых с этими вымирающими животными. В III Думе Н. Е. Марков был избран членом Совета фракции правых, стал одним из ее лидеров, активно работал в ряде думских комиссий (по государственной обороне, по Наказу, бюджетной, финансовой, о путях сообщения, финляндской).
Н. Е. Марков, как и его супруга Надежда Владимировна, являлся членом старейшей петербургской монархической организации «Русское Собрание» (РС), был в числе членов-учредителей созданного известным правым политиком В. М. Пуришкевичем Всероссийского Филаретовского общества народного образования, возникшего в 1914 г. в противовес либеральной Лиге народного образования, посещал петербургский право-монархический салон генерала от инфантерии Е. В. Богдановича, а с 1915 г. был членом правого кружка А. А. Римского-Корсакова.