Примерно в то же время, когда деятельность Н. Вавилова как директора ВИРа стала подвергаться публичной критике в центральной прессе, против него дал показания ряд арестованных агрономов и экономистов-сельскохозяйственников, а также несколько видных работников ВИРа. Вавилову инкриминировался "подрыв и запутывание семенного и селекционного дела в СССР" и "контрреволюционная деятельность" (что в те времена означало оппозицию, в какой-либо форме, сталинскому режиму). Эти показания, число которых с каждым годом возрастало, стали особенно опасными для Вавилова во второй половине 1930-х гг., после разгрома верхушки троцкистской группировки и падения его политических покровителей ― "старых большевиков" Горбунова, Яковлева.
Позиция Сталина. И. В. Сталин оценивал деятельность руководителей организаций и ведомств по результатам выполнения взятых ими или порученных им заданий.
"Сталин обычно не руководствовался личными симпатиями и антипатиями, а исходил из интересов дела" (И. А. Бенедиктов).
"Заслужить доверие Сталина можно было исключительно реальными результатами при выполнении крупных, ответственных, истинно государственных задач, и ничем кроме" (Н. К. Байбаков).
В 1920-30-х гг. ключевыми задачами научно-практической работы в сельском хозяйстве СССР являлись: внедрение новых, более высокоурожайных сортов зерновых и технических культур; интродукция лучших образцов отселектированных культурных растений из государств с высокоразвитым сельским хозяйством; разработка агротехнических приёмов повышения урожайности. Всё это было особенно важно для страны, пережившей несколько катастрофических голодных лет. Однако коллектив ведущего научно-практического сельскохозяйственного учреждения СССР, Всесоюзного института растениеводства, возглавлявшегося Н. Вавиловым, основную часть усилий тратил на другие задачи: сбор общемировой коллекции семян с/х растений, изучение их морфологических признаков, решение проблем географической ботаники. И специалисты-растениеводы, и руководители наркомата земледелия неоднократно отмечали отрыв тематики работ ВИРа от решения требовавшихся сельскому хозяйству страны задач. Нарком земледелия (с 1938 г.) И. А. Бенедиктов оценивал деятельность вавиловского института следующим образом:
"Широкая известность Вавилова как учёного в значительной мере создана англо-американскими кругами… Его научное "имя" весьма сомнительной ценности… Вавилов характеризуется как авантюрист, ставящий свои личные интересы выше государственных, создающий себе славу за счёт трудов других… Основным двигающим мотивом деятельности и поступков Вавилова лежат не интересы дела, ведение которого ему доверено, а сознательный авантюризм, авантюризм как принцип работы".
Сталин и в политическом отношении не доверял Вавилову ― сделавшему стремительную карьеру в начале 1920-х гг., когда троцкисты массово внедряли своих людей во все сферы общественной жизни ― от культуры и науки до армии. Тем более, что в сводках НКВД для Сталина о Вавилове сообщалось следующее:
