Летом 1915 года по указанию царя Николая II была учреждена верховная следственная комиссия «для всестороннего расследования обстоятельств, послуживших причиной несвоевременного и недостаточного пополнения запасов военного снаряжения». А в апреле 1916 года был арестован бывший военный министр генерал-адъютант Владимир Александрович Сухомлинов по обвинению в бездействии, превышении власти и в государственной измене. Поскольку речь шла и о связях Сухомлинова с казненным за шпионаж жандармом Мясоедова, другими агентами неприятельских разведслужб, по указанию главнокомандующего в состав указанной выше комиссии с задачей расследования шпионской деятельности всех подозреваемых в этом деле лиц из окружения Сухомлинова вошел и военный следователь В. Г. Орлов.
Но совершенно неожиданно для Орлова его снова назначают переводчиком разведывательного отдела, ссылаясь на то, что должность военного следователя не предусматривалась новым штатом. Однако работу в комиссии он не покидает, проводит допросы подозреваемых и свидетелей, ведет необходимую переписку. Недоброжелатели не преминули использовать этот факт для указания на превышение им своих полномочий.
Биограф Ставки верховного главнокомандующего Михаил Лемке отметил в своем дневнике:
Просьбу Орлова удовлетворили ровно наполовину — должность переводчика сократили, а следователя не ввели. Нахождение в состоянии «за штатом» свело на нет его возможности в плане участия в делах верховной следственной комиссии. Бесцельно бродить по кабинетам, отрывая штабистов от работы, либо проводить время в офицерском казино для Орлова было совершенно неприемлемо, хотя дружеского застолья он никогда не чурался.
Только начальник штаба верховного главнокомандующего генерал Михаил Васильевич Алексеев мог внести необходимые изменения в штатное расписание и произвести соответствующее назначение. Владимир Орлов надеялся, что сможет убедить генерала в своей правоте, и добивался личной встречи с ним. Надо отметить, что Михаил Васильевич Алексеев со школьной скамьи приятельствовал с отцом Орлова, не раз встречался с ним на русско-турецкой войне, видел, что детей своих тот воспитывал в патриотическом духе — «за Веру, Царя и Отечество». Утверждать, что именно это обстоятельство способствовало разрешению возникших у Орлова проблем, мы не можем, но 2 апреля его назначили на вновь образованную должность — военного следователя по особо важным делам при штабе ВГК, то есть при самом Алексееве. Так Орлов стал действовать непосредственно по указаниям начальника штаба ВГК. Долго ждать эти указания ему не пришлось.
В июне 1916 года, на основе докладов военной контрразведки о подозрительной деятельности банкира Дмитрия Рубинштейна и некоторых других финансовых воротил, своими операциями подрывавшими устойчивость снабжения фронта и тыла продовольствием, генерал Алексеев добился решения Николая II о создании специальной оперативно-следственной комиссии. Возглавил ее Генерального штаба генерал-майор Николай Степанович Батюшин, о котором мы уже не раз упоминали. В состав комиссии вошли квалифицированные офицеры контрразведки и юристы, служившие до войны в Варшавском военном округе, хорошо знакомые Батюшину.
