После смерти Аль-Насира от старости в 1341 году экономические и социальные проблемы обострились из-за политических передряг, так как соперничающие эмиры сражались за власть. Стремительная смена двенадцати султанов между смертью Аль-Насира и 1382 годом доказывает, что все они были марионетками в руках эмиров; самому старшему из султанов в момент вступления на престол было 24 года, а самые младшие были еще детьми — их смещали или убивали по воле эмиров. Те, кто правил дольше нескольких месяцев, как правило, оказывались всего лишь никчемными личностями, заинтересованными лишь в удовольствиях и жестоких пытках, а не в управлении государством.
Катастрофический удар по режиму мамлюков нанесла эпидемия бубонной чумы — Черная смерть, обрушившаяся на страну в 1347 году. Египет пережил подряд несколько волн голода, что снизило сопротивляемость болезням, и тут из Александрии пришла чума, которую занесли купеческие корабли с Черного моря. В течение года чума опустошила поселения по всему Египту, убив треть населения, прежде чем в 1349 году эпидемия пошла на убыль. В Каире, по словам очевидца, свыше тысячи человек умирали ежедневно. Египетский историк Аль-Макризи оставил следующее свидетельство:
Каир превратился в совершенную пустыню, и на улицах никого невозможно встретить. Можно пройти от ворот Баб аль-Зувейла до ворот Баб аль-Наср, не встретив ни души. Мертвых так много, что живых не найти. На улицах горы мусора, лица у людей озабоченные, отовсюду доносятся плач и стон; нет ни одного дома, где бы не оплакивали умерших. Трупы складывают вдоль улиц, похоронные повозки сталкиваются друг с другом, мертвецов скидывают в могилы второпях.
Восстановлению Египта мешали частые рецидивы болезни, порой принимавшей даже более тяжелые формы легочной чумы. Известно, по крайней мере, 55 вспышек до 1517 года, когда в страну вторглись османы, причем 20 из них были серьезными эпидемиями; еще 33 эпидемии случились до конца XIX века. Если население Европы вернулось к прежней численности в XV веке, Египту это не удалось. Даже к 1800 году население составляло треть того, что обитало в стране в VII веке, к моменту арабского завоевания.
Экономические последствия этого потрясения были огромными; всеобщая нехватка рабочей силы привела к тому, что поля и мастерские оказались заброшенными, бедственное положение народа усугублялось, а двенадцатилетний султан Хасан (1347–1351 и 1354–1361), который вступил на трон после убийства всех пяти его братьев, только выиграл от катастрофы. Десятки тысяч людей погибали, не оставляя наследников, их владения автоматически переходили короне. Хасан потратил значительную часть средств на строительство величественной мечети султана Хасана (1356–1361), призванной смягчить гнев Аллаха и прекратить Черную смерть. Комплекс зданий включал медресе и грандиозную гробницу, не имевшую себе равных в Каире, но демонстративная набожность Хасана не уберегла султана от гибели в результате дворцового заговора; тело так и не было найдено, и гробница при мечети осталась пустой.
После смерти Хасана группа мамлюков из Черкесии крепко взяла в руки бразды правления, действуя за спиной слабых и беспомощных султанов. Их казармы располагались в башнях Цитадели, поэтому их стали называть бурджи-мамлюками, от арабского слова
